明朝作为我国历史上最后一个由汉族建立的王朝，其先后共传十六帝，国祚276年。然而，位于北京昌平区天寿山麓的“明十三陵”，却只埋葬着十三位皇帝，这又是为什么呢？其余三位皇帝的陵墓，又为何不在北京呢？
明朝十六位皇帝中，没有埋葬在“明十三陵”的三位明朝帝王，分别是明太祖朱元璋、建文帝朱允炆和明代宗朱祁钰，而他们未葬于此处的原因也各不相同，一个被丢在了南京，一个失踪下落不明，一个则是被去除了帝号。
明太祖朱元璋：朱棣永乐年间迁都北京，老爹朱元璋被丢在了南京
朱元璋作为明朝的开国皇帝，其于洪武元年（1368年）正月初四在南京称帝，建立大明，而当时明朝的国都便定于南京。而自古以来，帝陵一般都设在离都城较近的地方，而朱元璋也将皇陵选在了南京。
经过筛选，朱元璋最终将陵墓位置定在了今南京市玄武区紫金山南麓独龙阜玩珠峰下。明洪武十四年（1381年），朱元璋命中军都督府佥事李新主持陵墓的建造工程，次年，马皇后去世，于洪武十五年（1382年）9月入葬孝陵，因马皇后谥号“孝慈”，故命名为“孝陵”。
明洪武三十一年（1398年），明太祖朱元璋驾崩于应天府，遂启用地宫与马皇后合葬。不过，虽然朱元璋已经入葬，但明孝陵的建设仍未彻底完工，直到明永乐十一年（1413年）建成“大明孝陵神功圣德碑”，整个明孝陵的建设才算竣工，前后历时长达30余年。
不过，到了明朝永乐年间，朱棣称帝之后从永乐四年（1406年）开始便着手准备迁都，并最终于永乐十八年（1420年）正式迁都，南京虽仍设六部等中央机构，但却降格成为留都。而此后的明朝皇帝，也都安葬于北京京师附近，朱元璋的明孝陵便孤零零的留在了南京。
建文帝朱允炆：“靖难之役”后把自己搞丢了，朱棣不承认其皇帝地位
朱元璋驾崩之后，皇太孙朱允炆即位，是为建文帝。为了稳固皇位，消除各地藩王对中央皇权的威胁，建文帝即位后不久便开始削藩，结果最终引发“靖难之役”，在这场历时长达四年的叔侄争夺战中，以天下敌一隅的建文帝竟然最终战败了。
建文四年（1402年），朱棣率军攻至南京城下，负责镇守金川门的谷王朱橞和李景隆望见朱棣麾盖，遂开门投降，南京城告破。与此同时，南京皇宫燃起大火，虽然《明太宗实录》和《明史·成祖本纪》皆记载朱允炆死于这场大火，但《补本》和《明书·建文皇帝本纪》皆记载朱允炆已经趁乱逃走，而朱棣此后的动作也表明朱允炆很可能已经逃之夭夭。
此外，赢得“靖难之役”的朱棣，为了名正言顺的继承皇位，在翰林院编修杨荣的提醒下，先行前往拜谒孝陵，向朱元璋陈述了朱允炆即位以来的种种罪行，以朱允炆不遵祖训为由，直接不承认建文帝的皇位，并将建文元年（1399年）至建文四年（1392年）改为了洪武三十二年至洪武三十五年，以此表明自己是从朱元璋手中继承的皇位。
由于建文帝下落不明，而朱棣又不承认建文帝的皇位，因此朱允炆去世之后，自然也不可能被葬入明朝帝陵了。不过，由于朱允炆下落不明，全国各地发现的朱允炆墓多达五十多处，到现在也不知道其死后究竟葬在了何处。
明代宗朱祁钰：“夺门之变”后被废除帝位，死后以亲王之礼下葬
明代宗朱祁钰是明宣宗朱瞻基的次子，明英宗朱祁镇的异母弟。明英宗朱祁镇率兵亲征瓦剌却惨遭“土木堡之变”，不仅几乎全军覆没，就连皇帝本人也被瓦剌给掳走，为了避免被瓦剌牵着鼻子走，在于谦等大臣的促请下，经孙太后点头同意，朱祁钰被拥立为帝，遥尊朱祁镇为太上皇。
朱祁钰登上皇位本就是权宜之计，而且在将其扶上皇位之前，孙太后先将朱祁镇之子朱见深立为了储君，目的就是为了确保皇位仍然留在朱祁镇一脉，但朱祁钰在皇位稳固之后，却不想将皇位再还给朱祁镇这一脉，为此不惜通过贿赂大臣，废黜了太子朱见深，改立自己的儿子朱见济为储君，可惜朱见济次年便夭折了。
与此同时，在朱祁镇失去利用价值后，在被俘次年便被送了回来，但回来之后便被囚禁南宫长达七年。朱祁钰不仅命人将南宫大门上锁灌铅，又加派锦衣卫严密看管，而且将南宫附近树木全部砍伐殆尽，从而彻底切断朱祁镇与外界的联系，就连食物也只能通过小洞递入。在这七年中，朱祁镇虽然仍拥有着“太上皇”的封号，然而不仅没有享受到任何相应的待遇，反而备受冷遇，惶惶不可终日。
可以说，由于皇权之争，朱祁镇、朱祁钰的兄弟之情已经磨灭殆尽，因此当朱祁镇通过“夺门之变”重新复位，而朱祁钰则在一月后病逝。之后，朱祁镇不仅将于谦等当初拥立朱祁钰的大臣全部处死，而且下诏指斥朱祁钰“不孝、不悌、不仁、不义，秽德彰闻，神人共愤”，直接废其帝号，并为其上了“郕戾王”的恶谥，朱祁钰最终以亲王礼葬于北京西山。
综上所述，由于明太祖朱元璋的明孝陵在南京，建文帝朱允炆和明代宗朱祁钰则全部被剥夺了帝位，根本没有资格葬入帝陵，更何况朱允炆还下落成谜，因此明朝虽然有十六位皇帝，但却只有十三位皇帝葬于北京“明十三陵”。不过，“明十三陵”虽是帝陵，但埋葬的可不仅仅只是皇帝，还有二十三位皇后、二位太子、三十余名妃嫔、两位太监。
