尼安德特人3万年前灭绝，但因为和我们的智人祖先有过混血，所以在我们身体中留下了一些DNA片段：欧洲人约有2%，亚洲人更多一些，可到4%，而古代人更多，约有6%，这意味着尼安德特人的基因正在逐渐消失。
但有一个现象却令科学家们百思不得其解，那就是现代人类没有携带尼安德特人的任何Y染色体基因，完全不可思议。
Y染色体决定男性性别，由SRY基因启动，帮助胚胎发育成男性，如果一条染色体的携带者没有儿子，这条染色体就会消失，那么尼安德特人的Y染色体究竟是如何消失的呢？目前认为有几种可能：
一是偶然丢失。可能是由于几千代人的传承，尼安德特人的Y染色体恰好没有被保留下来。
二是交配模式。可能只有尼安德特人女性与现代人类男性交配，所以没有Y染色体的传递，这是不是意味着尼安德特人真的是被我们的智人祖先灭绝的呢？男性被杀死，女性被俘虏。
三是功能劣势。尼安德特人的Y染色体可能在功能上不如现代人类的Y染色体，因而逐渐消失了。
四是杂交不相容。根据"霍尔丹法则"，不同物种杂交时，异性染色体性别往往不育或不健康，就像马驴、狮子老虎杂交一样，尼安德特人的Y染色体可能与现代人类的其他基因不兼容。
五是有害突变积累。由于尼安德特人群体较小，有害突变可能在Y染色体上累积，最终导致其灭绝。
六是尼安德特人的Y染色体可能丢失了SRY基因，正在演化新的性别决定机制。人类的Y染色体总体上也在退化，最终会像尼安德特人一样走向消失吗？
最有可能的原因是第四种，即基于"霍尔丹法则"的杂交不相容性，尼安德特人的Y染色体与现代人类的其他基因不兼容，导致杂交后代的男性不育或不健康，因此没有被保留下来。
这意味着尼安德特人和智人之间，可能正是因为Y染色体造成了生殖障碍，让尼安德特人和人类成为了不同的物种。
参考：
The Conversation：Modern Human DNA Contains bits from all over the Neanderthal genome – except the Y chromosome. What happened?
