7月2日晚，运营第二天的杭州火车南站西广场出站层出现大量积水，到站旅客推着行李箱趟水出站。至3日清晨，积水已排清兵完成保洁，恢复秩序。
2日晚，两段旅客在杭州火车南站西广场出站层拍摄的视频热传：大量雨水从一层通往负一层的楼梯流下，旅客推着行李箱趟水出站，网友戏称“到杭州就成了‘游客’”。另一段视频显示，出站层指示牌的底座已被积水淹没。
1日开通的杭州南站主体由站房、东西广场组成，是集高铁、普铁、地铁、公交、长途客车于一体的综合枢纽，总投资46亿元。
3日0时38分，杭州萧山区政府新闻办公室官方微博“@萧山发布”发布消息称，2日20时30分左右萧山城区出现强降雨并升级为特大暴雨，导致短时内市政管网排水不及，雨水倒灌进杭州南站西广场地下通道。事发后，南站管委会等启动应急预案，疏导乘客，进行排水，至2日23时30分左右，雨水基本排清。
澎湃新闻（www.thepaper.cn）3日从南站枢纽管委会了解到，至3日5时30分许，车站保洁已完成，恢复秩序，接下来相关部门将对排水管网进行改造，确保旅客安全出行。
