在税务稽查中的常见的个人所得税问题有哪些？根据工作经验，大概总结了一下，常见的主要有以下9个问题：
一、企业发放实物补贴，未代扣代缴个人所得税
比如，公司给员工发放的体检卡，组织员工旅游。这里需要注意的是，根据国家税务总局所得税司2012年4月11日在国家税务总局网站就所得税相关政策中答复：集体享受的、不可分割的、非现金方式的福利不需缴纳个人所得税。所以对于实物福利是否需要扣缴个税，需要仔细甄别判定。
二、企业通过报销发票形式列支员工的津贴补贴，没有代扣代缴个人所得税。检查中主要看企业费用支出凭证中是否明显不属于公司开支的异常的费用支出。
三、以免税项目发放应税补助。企业误餐补助，差旅费补助等免税项目不是据实发放，而是以此名义给员工发放常规性的补助，没有代扣代缴个人所得税。
四、多次使用优惠计税方法。企业在扣缴个人所得税时，一个纳税年度多次适用年终一次性奖个人所得税计税办法，少扣缴个人所得税。
五、虚构或虚增员工。企业通过虚构或虚增员工，降低在职人员的较高的工资薪金，少代扣代缴个人所得税。
六、让他人为本公司虚开发票。企业通过让他人为本公司虚开发票，以其他名义列支成本费用，隐瞒部分工资薪金支出，少代扣代缴个人所得税。
七、不经常发生的支付项目。很多企业对于工资薪金扣缴个人所得税，扣缴个税的意识还比较强，但对于不经常发生的业务，比如支付给个人的租金、利息，劳务报酬等支出，既没向个人索要发票，也没有扣缴个人所得税。存在两个所得税的双重风险。
八、投资人借款年末未归还。对于投资人来说，从公司借款时很普遍的现象，但如果年末未归还，又未用于企业生产经营，企业则需要代扣代缴个人所得税。
九、企业通过报销发票形式列支股东的各项支出。比如通过差旅费报销形式，报销股东或企业高层管理人员个人行为的机票、住宿票；通过汽车油料费形式，报销股东或其家属成员的油料费、汽车修理费；通过餐票形式，报销股东或其家属成员个人行为的招待费。
对于上述被检查认定应属于股东个人消费的支持，除了按利息股息红利补扣个人所得税，还需注意，上述支出不应在企业所得税税前扣除。
