首先缴纳的样数就不一样，在单位交的是养老、医疗失业、工伤、生育五险。而个人交一般只有养老和医疗就可以了。
缴费比例不一样，以养老保险为例，在单位缴费比例为27%，其中8%个人缴纳，19%由单位缴纳，而以灵活就业身份个人缴费，对于统筹部分有减免，一共要缴纳20%，其中8%进入个人账户，12%是统筹。
医保待遇不一样，在单位缴纳医保是有个人账户的，里面的钱可以直接买药，像北京甚至可以直接取现。而灵活就业个人缴纳是没有这部分的。
但不管是以灵活就业个人缴费还是在单位缴费，两者的养老金计算方式是一样的。也就是说，只要缴费基数相同，缴费年限相同，个人账户钱数退休年龄等都相同，退休后养老金就也是相同的，待遇也是一样的，不会因为是灵活就业就比单位缴费少开钱。
