清朝所谓的三藩是指清初驻守云南的平西王吴三桂、驻守广东的平南王尚可喜、驻守福建的靖南王耿继茂以及去广西征战定南王孔有德，本来不出意外，分封在南方的应该是“四藩”。但是在顺治九年（1652年），孔有德还没来得及得到封地，就被晋王李定国在广西桂林给干掉了，所以就变成了“三藩”，至于为什么清廷把云南、福建、广东分封给吴、耿、尚三人，原因如下：
随着战争深入，八旗军兵力不足，三顺王加吴三桂兵力是其重要补充
清朝自顺治元年（1644年）入关后，用于作战的八旗军不过20万人，由于与农民起义军、南明军队不停作战，随着占领区域扩大和兵力损耗，难免力有不逮，再加上在顺治九年（1652年）前后，能征惯战的开国诸王几乎完全凋零，更使八旗军的实力进一步下降。所以，随着战线的拉长，为了弥补兵力上的不足，让吴三桂等异姓王公参加对南明的军事行动势在必行。《圣武记》记载：“初，世祖之定鼎也，东南反侧未靖，故命大学士洪承畴经略五省，而定南王孔有德徇广西，尚可喜、耿仲明徇广东，吴三桂徇四川、徇云南，皆以明故臣领所部绿旗兵，外籍其招徕，内以佐禁旅之不逮。”
从当时的情况看，八旗军于南方作战，水土不服的情况较为严重，即便参与攻势也无法久驻
不得不说来自东北的八旗军很难适应南方盛夏天气，无法持续进行作战，无论是人和马来到南方都很难适应，这让喜欢以骑兵机动的八旗军打仗打的非常难受。就比如说当时八旗军在江苏宿迁一带驻扎的时候，马匹所食草料咸苦，导致了“马不食，数万骑皆渐疲瘦”的状态。
所以，清初没有完善驻防体制，再加上气候难以适应，八旗军即便是出征南方也是得在军事任务结束之后回归京师和北方、东南各个驻防点的，当时负责主剿永历政权的洪承畴就在顺治十年（1653年）十一月的奏疏上就提到过，“逆贼李定国，距省仅二百里，眈眈思逞，满洲援剿官兵，岂能久留，将来恢复州县，何以分守？”而当时分散各处驻守的绿营兵又难以抵挡永历政权李定国等部的进攻，那么兵归将有，战力不错的三藩则能有效替代八旗军担负起对李定国、郑成功作战的重任。
值得一提的是，三藩的封地云南、广东、福建在当时都是清廷的痛脚。像云南那是长期与永历政权作战的前线更加上土产不丰，土司问题错综复杂，而广东、福建也是当地土寇纷起加上郑成功在这两地沿海长期与清廷作战，在八旗军不能长驻的情况下，不如把这三地像烫手山芋一样封给吴三桂、尚可喜、耿继茂这三位，让他们去处理当地事务，自己乐得做甩手掌柜，实际上这招还是卓有成效的，只是后来清廷撤三藩确实是兔死狗烹之举。
以上就是清廷把这三省封给这三位藩王的原因。事实上，清廷封建三藩，从其谕旨上看，就带有明显的军事性质，以期对新征服的地区抚绥和镇守。
云南自不必说，顺治十六年（1659年）正月，清廷听了洪承畴的建议后，就有沿袭元、明制度开设藩镇镇守的想法，谓“惟云南尤为险远，土司种类最多，治之非易。故前元朝用亲王坐镇，明朝以国公沐英世守，乞敕议政王、贝勒、大臣为长久计，留并驻镇，俾边疆永赖敉宁”。又在同年三月，洪承畴再上一折极陈云南形势，表示这地方特难搞：“云南山川险峻，幅员辽阔，非腹里地方可比，请敕议政王大臣密议，三路大兵，作何分留驻守，贵州中路汉兵及广西汉兵，作何分布安设，嗣经兵部议，留拨大帅官兵，镇守滇南，事关重大，请旨定夺。”
于是，议政王大臣会议上奏清世祖，汉中已经属于内地，不需要藩王驻守，建议让吴三桂、尚可喜、耿继茂其中一王驻防云南。于是，顺治帝迅速命平西王吴三桂驻守云南、平南王尚可喜驻守广东、靖南王耿继茂镇守四川（耿继茂分封之路比较坎坷，一开始与尚可喜同镇广东，后四川、再广西，最后清廷才决定让他去福建）。
很显然，就是因为清廷认为云南难治，才想把自己认为的“烂摊子”踢给吴三桂。
广东则是“土贼间作，且遥结海贼郑成功，为海滨郡邑患”，清廷遂命“岭海要区，新经底定，抚绥弹压，善后宜周，平南王尚可喜专留镇守”。
而耿继茂本来因为广西柳州李定国攻势紧急，本来是被封到广西的。但是由于福建一带郑成功攻势很盛，“时海贼郑成功据金门岛，寇掠闽、浙”，所以，其又被封在了福建，专门对付郑成功，并清剿当地土寇。《清世祖实录》记载：“八闽重地，负山阻海，界连浙江、江西、广东等处，岛寇出没，山贼窥伺，正在用兵，幅员既阔，汛守最繁。且沿海逆氛未靖。抚绥弹压务在得人。兹特命王统领大兵移驻。当宣威布德。安辑兵民。山岛二寇、加意防御。相机扑剿，无使滋害。逆贼郑成功，偷息海上，飘乎靡常，须剿抚兼施，战守并用，沿海一带地方务堤防严密，禁饬兵民商贾毋得包藏奸宄，借端贸易，接济交通。将弁有功，核实题叙。有临阵退缩、失误军机及骄悍恣肆、不遵号令应处分者，听王便宜从事；若事关重大、应参奏者，指名参奏。凡兵机事务，悉听王调度。敕中开载未尽事宜，听王商酌妥确，奏请施行。其一应民事、钱粮，仍归地方文官照旧料理。文武各官有事见王，俱照王礼谒见。王受兹重任，其益殚忠猷，礼以律己、廉以率下，务辑宁疆圉，纾朕南顾之忧。钦哉。”
所以，清廷让三藩驻镇云南、广东、福建的意图很明显，一是清初这些地方确实不好治，二是确实是直接面对郑成功、李定国，在八旗军军事实力不足并不喜南方作战的情况下，把这些战区分封给吴三桂他们能降低军事成本，至于后来鸟尽弓藏那就另说了。
