明崇祯八年（1635年）正月，由陕西捣入河南的农民军被明五省总督洪承畴率领的官军重重围困。面对明军施加的巨大压力，各路农民军首领在荥阳召开“荥阳大会”，商议破敌脱困之策。
彼时，13路（史称“十三家”）农民军共72营聚集在荥阳，其首领们举行军事联席会议，商讨对策。会上围绕着如何对付官军，各家领袖产生意见分歧，并争论不休，谁都说服不了谁，难成决议。
这13家农民军首领分别是：老回回（马守应）、曹操（罗汝才）、革里眼（贺一龙）、左金王（贺锦）、改世王（刘希尧）、射塌天（李万庆）、横天王（王子顺）、混十万（马进忠）、过天星（惠登相）、九条龙（姓名不详，一说姓王名霸）、顺天王（原名不详）及迎祥（闯王高迎祥，当时李自成是其部下，号“闯将”）、献忠（八大王张献忠）。
这时，闯王高迎祥麾下闯将李自成站起来发言，他剖析兵凶战危的形势，晓以利害，并激励大伙说：“一夫犹奋，况十万众乎，官兵无能为也。宜分兵定所向，利钝听之天。”
李自成同时还提出十三家义军应互相配合、互相策应，协同作战，分兵突围和避实击虚的反包围方针，得到了各家的一致赞同。荥阳大会结束后，13家义军主力，在闯王高迎祥的统一指挥下，兵分三路，突然向东猛攻，进军速度非常迅速。事实证明，这次军事会议对农民军打破明军围剿发挥了关键作用。
从河南东进的农民军很快攻入安徽，以雷霆之势一举攻克了明中都凤阳，杀戮中都留守朱国相、指挥使程永宁等41名文武官员，焚烧官衙民宅22650余间，屠杀吏民数万人，劫掠大量财物，并纵兵焚毁了明皇陵的享殿，就连皇陵墓道两旁的数百株陵松都烧、伐殆尽。
农民军在凤阳滞留了3日后，明中都皇城已成一片残垣断壁。随后，高迎祥、李自成又率军辗转离开安徽返回老巢陕西。在陕西，李自成率部接连挫败了围追堵截的明军，阵毙艾万年、曹文诏两员明军将领，斩获可观，接连获胜。
听说明祖陵被流贼捣毁，崇祯帝在紫禁城里号啕大哭，旋即下令将巡抚江北四府的兵部左侍郎兼右佥都御史的杨一鹏逮捕处斩。李自成入陕西后，接连重挫明军，诛杀明将，震惊明廷，崇祯帝遂任卢象升为总理，负责关中外围围剿事宜，洪承畴则负责关中，协同剿灭高、李农民军。
骁勇善战的名将孙传庭接任陕西巡抚后，和三边总督洪承畴密切配合，对陕西农民军展开了大规模的围剿。闯王高迎祥是各路农军的盟主，势力最强，因而成为明军要灭杀的首要目标。
崇祯九年（1636年）七月，在明军的残酷进剿下，在陕西难以立足的高闯王被迫率军遁入秦岭，欲循子午谷 、褒斜道等秦岭谷道蹿入汉中、四川，再图发展。明军已在谷道中设下伏兵，专等农军自投罗网。在著名的子午谷黑水峪之战中，明军采取了又打又拉、双管齐下的策略，对农民军采取分化瓦解政策，不少农民军将士弃械投降，高迎祥抵死不降，浴血奋战，终因寡不敌众而被俘，后来被押送京师惨遭凌迟处死。
闯王高迎祥败死对农民军打击沉重，不少出名的农军首领纷纷率部向明军投降。还在陕西的李自成得知高迎祥在子午谷被官军俘斩的消息后，忍痛继承了“闯王”的称号，继续率闯军残部与明军周旋。
崇祯十年（1637年），因洪承畴、孙传庭拼命进剿，李自成在陕西接连受挫，损兵折将，便打算南下西川。此时，因之前明军注意力皆被高迎祥、李自成吸引，使八大王张献忠部得以迅速壮大，明军转而将进攻的矛头对准张献忠，暂时忽略了四川的防务，正好为李自成出陕入川提供了有利条件。
崇祯十年（1637年）5月，李自成率部穿越秦岭进入四川。但闯军入川后遇到了名将曹变蛟、秦良玉部的阻击，围攻成都20多天而不下，明朝援军陆续开至，李自成只好重新引军折回汉中、陕西。
为了彻底扑灭陕西农民军暴动之火，明朝采用剿抚并用之策，刘国能、李万庆、惠登相等许多农军首领相继接受明军招降。面对如此不利情形，李自成将西部农军分成3部，分别与明军周旋，相互策应，分化明军力量。
在陕西，李自成处境日益危殆，但他一直坚持与明军鏖战，绝不接受明军招抚。因实力相差悬殊，李自成打算再次东进河南。然而，老谋深算的洪承畴早已察觉李自成的企图，事先在农民军入中原的必经之路上设下重兵，布下几张天罗地网，专等李自成来投。
潼关南原之战，李自成部基本全军覆没。能征善战的闯军为何在潼关输得如此惨？ 擅长流动作战的农民军真不擅打野战吗？
潼关南原大战旋即爆发，李自成的数十万军队基本全部覆灭，战场上尸横遍野，血流成河，战马哀鸣，惨不忍睹。潼关南原大战是李自成军事生涯中损失最为惨重的一次。
崇祯十一年（1638年），李自成大军在明军悍将曹变蛟部的追击下，准备突围至河南，被明军驱赶至潼关南原后，突遭洪承畴布设的第一道伏兵的截杀。此时闯军在陕西连遭挫败，好几个月狼奔豕突，数月的败逃途中的士气低迷，沿途不断出现将士相率投降明军的现象，李自成亦无力禁止，因此在南原遭受第一波攻击时士无斗志，一触即溃。
农民军最擅长的是流动作战，在四处游走时寻机痛歼敌军是农民军的拿手好戏；农民军号称60万，但水分大人员素质良莠不齐，与器械精良、训练有素的明军官兵比，农民军虽数量庞大，却不擅打野战，加上闯军随军携带的眷属、妇孺老幼、坛坛罐罐太多，真正能参加战斗者不过一半，且装备落后，缺乏训练，因此在大兵团野战方面有先天不足。
几个不利因素叠加在一起，使闯军在遭受第一波次的伏击时惊慌失措，迅速溃败，所能做的就是拼命突围。但洪承畴在后面还设下两道伏击圈，李自成虽然以极大的代价闯过了第一道封锁线，但后面还有两道“鬼门关”，早已惊恐不安的农民军实难闯过。
突出第一道重围后，闯军又连遭第二、第三道伏兵掩杀，死伤惨重，伏尸遍野，器械资杖丢得到处皆是，境况异常惨烈。不幸的是，部分好不容易溃围而出的农民军将士又遭到地方团练甚至村民的截杀，逃出者被乡民搜杀殆尽，十不存一，数十万人马几乎全部覆灭 。
潼关南原大败后，好不容易发展起来的数十万闯军被剿杀一空，李自成率18亲信策马飞逃，费尽九牛二虎之力摆脱追兵，窜入商洛山中藏匿，静待时机，徐图再起。
