持续显著增长数月后，中国内地新增报告猴痘确诊病例出现明显下降。2023年10月16日，据中疾控发布的9月猴痘疫情监测情况，9月1日-30日，中国内地（不含港澳台）新增报告305例猴痘确诊病例。
6月份以来，我国多个省份先后报告发现猴痘病例。据中疾控公布的猴痘疫情监测情况，6月中国内地（不含港澳台）新增报告106例猴痘确诊病例，7月新增报告491例猴痘确诊病例，8月则新增报告501例，本土猴痘病例累计已经超过千例。
中疾控介绍，9月新增报告猴痘病例中，北京42例、广东40例、浙江38例、江苏32例、广西16例、四川13例、重庆12例、湖北12例、辽宁11例、湖南11例、陕西9例、山东9例、河北8例、天津7例、上海6例、河南6例、福建6例、黑龙江5例、安徽4例、吉林4例、云南3例、山西3例、江西3例、内蒙古1例、贵州1例、海南1例、宁夏1例、新疆1例，无重症、死亡病例。
中疾控表示，根据流行病学调查分析，疫情呈现以下特点：一是99%病例为男性，92.9%病例明确为男男性行为人群，病例中有2例女性。二是其他接触方式传播风险低。除性接触以外的密切接触者中仅3人发生感染。三是94.3%为主动就诊发现，3.9%为密切接触者追踪筛查发现，其他为主动报告和入境筛查等发现。四是绝大多数病例临床表现典型，主要为发热、疱疹、淋巴结肿大等症状。
猴痘目前仍主要局限于特定人群的接触性传播，或预示着疫情被成功控制已为时不远。
界面新闻注意到，中国疾病预防控制中心周报（英文）最新一期刊登的《生命周期监测：近期流行猴痘病毒84个基因组的遗传特征——北京市，2023年》一文介绍，自首个输入性病例被发现以来的2个月里，北京本地传播已得到了显著抑制。
该论文作者为北京市疾病预防控制中心传染病地方病控制所所长张代涛等人。
“在2023年之前，中国大陆仅报告了一例输入的猴痘病例，这可能是由于在2019冠状病毒病（COVID-19）大流行期间实施的严格边境管控、和隔离政策。”张代涛等人称，2023年5月以来，诊断数量逐渐增加，疫情在北京和中国其他省份传播。尽管如此，中国猴痘病毒的遗传特征仍然大部分未被探索。
2023年5月底，北京首次记录到本土猴痘感染病例。上述研究纳入了5月31日至7月31日期间在北京进行核酸检测后结果呈阳性的所有个体，包括82个本地病例和2个输入病例。参与研究的病例全部为男性，少部分病例（2.38%）在国外感染，而绝大多数病例（97.62%）被认定为本地感染个体。
研究显示，北京病例基因组与中国其他地区以及邻近的东亚和东南亚地区的基因组具有显著的同源性。然而，流行病学调查表明存在多个独特的感染事件，而不是单一来源，并且并非所有病例都直接相关。“这些发现暗示了频繁的跨区域引入和通过多个本地传播链的大规模传播。”论文介绍。
张代涛等人在论文中指出，北京猴痘病例的病毒基因组中发现大量突变，有助于免疫逃逸。此前，中疾控介绍，猴痘病毒属于DNA病毒，基因序列相对稳定。我国已开展病毒变异监测工作，监测数据显示，我国检出的猴痘病毒基因分型均属于IIb分支（西非分支），该分支主要在欧洲、北美和亚洲的部分国家流行。
此前在9月15日，国家卫健委发布公告，根据《中华人民共和国传染病防治法》相关规定，自2023年9月20日起将猴痘纳入乙类传染病进行管理，采取乙类传染病的预防、控制措施。
对于猴痘病毒的扩散风险，7月27日，中疾控在《猴痘防控方案》解读问答中曾指出，人群对猴痘病毒普遍易感，接种过天花疫苗对猴痘病毒存在一定程度的交叉保护力。现阶段猴痘的主要传播途径是在男男性行为人群中经性接触传播，男男性行为人群是感染猴痘的重点人群。目前一般人群感染猴痘病毒的风险较小，但需了解猴痘基本知识，做好健康防护。
