细胞株鉴定

细胞株鉴定
2023年02月28日 14:55 IT脉

1.细胞株进行STR鉴定时,进行比对、参考的数据库有哪些?

答:国外数据库有ExPASy(Cellosaurus) 、ATCC(American type culture collection) 、DSMZ(Deutsche Sammlung von Mikrorganismen and Zellkulturen) 、JCRB(Japanese Collection of Research Bioresources)等;国内的数据库可以参考国家实验细胞资源共享服务平台(NICR)。

2.目前已知有的细胞或是错误标记(misidentified)或被交叉污染(cross-contaminated),从源头上已变成问题细胞(Problematiccell line) 。那有没有数据库或者细胞库能够查阅这类细胞,从而避免在实验中使用?

答:国际细胞系认证委员会(InternationalCell Line Authentication Committee, ICLAC) 建立的TheRegister of Cross-Contaminated/Misidentified Cell Lines数据库,可以为科研人员提供相应帮助。另外,ExPASy数据库对于此类问题细胞都做出了明确的文字说明,也可以提示科研人员避免使用。

3.是否有关于细胞株鉴定的标准或指南?

答:有相关的标准或指南。例如ICLAC、欧洲认证细胞培养物收藏中心(EuropeanCollectionof Authenticated Cell Cultures, ECACC)这些机构都建立了关于细胞株鉴定的建议和指南。ATCC的标准发展组织(StandardsDevelopment Organization, SDO) 颁布了ASN-0002标准《Authenticationof Human Cell Lines: Standardization of STR Profiling》。

4.采用STR分型技术鉴定细胞株时,需要比对多少个位点才能确认细胞身份?

答:根据ANSI/ATCCASN-0002标准,采用STR分型对细胞株进行鉴定时,比对8个核心位点以及Amelogenin位点即可确认细胞身份。这8个核心位点包括D5S818、TPOX、CSF1PO、TH01、vWA、D7S820、D16S539及D13S317。而第三方检测机构的试剂盒检测位点可能不止这9个位点,苏州鉴达(GeneticTesting Biotechnology, GTB)的人源细胞试剂盒可以检测多达23个位点。

5.采用STR分型技术鉴定细胞株时,如何判定细胞株是否存在交叉污染?

答:以人源细胞为例,由于人为二倍体,因此正常人源细胞株的STR位点峰图,为单峰(纯合子)或双峰(杂合子)。当分型图谱中,如果多个位点同时出现多等位基因(一般为3峰或4峰)时,则考虑细胞株存在交叉污染。

6.长时间传代,细胞株会发生变化吗?

答:随着不断传代、分裂生长,细胞会不断积累遗传变化和突变,从而影响细胞行为、生长特征、遗传特性等。这就是为什么必须定期对细胞株进行鉴定的重要原因。

7.冻存的细胞可以直接进行细胞株鉴定吗?

答:可以直接对冻存细胞进行细胞株鉴定。但要保证冻存细胞的数量至少为1x10的5次方、可以提取到足够DNA。

8.目前,哪些期刊要求投稿时需要提交细胞株鉴定报告?

答:NaturePublishing Group中Nature、NatureBiotechnology等9个子刊;AmericanAssociation for Cancer Research Publications中CancerDiscovery、CancerImmunology Research等8个子刊;BioMedCentral Journals中BMCBiotechnology、BMCCancer等24个子刊;BenthamScience Publications中Anti-CancerAgents in Medicinal Chemistry、CurrentBiotechnology等16个子刊;AmericanAssociation for Cancer Research (AACR) Publications中CancerDiscovery、CancerImmunology Research等8个子刊;EndocrineSociety Publications中EndocrineReviews Endocrinology、MolecularEndocrinology等5个子刊;Societyfor Endocrinology Publications中Endocrine-RelatedCancer、Journalof Endocrinology等3个子刊;以及BioTechniques、Cancer(Journal of the American Cancer Society)、Carcinogenesis、CellBiochemistry and Biophysics、CellBiology International、ClinicalOrthopaedics and Related Research、InVitro Cellular & Developmental Biology-Animal、InternationalJournal of Cancer、InvestigativeOphthalmology and Visual Science (IOVS)、Journalof Molecular Biology、Journalof the National Cancer Institute、MolecularVision、Neuro-Oncology、PLOSONE、TheOpen Breast Cancer Journal (Bentham Open)、PlacentaAACR Journals等期刊。

以上期刊名称并不详尽。总之,目前越来越多的期刊都有此要求。因此,小编建议大家,文章投稿前最好进行细胞株鉴定。

9.细胞株STR鉴定周期有多长时间?

答:细胞株STR鉴定从DNA提取到图谱呈现,实际上几个小时就可以完成。但第三方鉴定机构的周期一般会久一点,有的需几个工作日,有的需要一周甚至更长的时间。苏州鉴达(GeneticTesting Biotechnology, GTB) 一般1-2个工作日便可完成鉴定、出具报告。

10.如何尽可能避免细胞发生交叉污染?

答:使用无菌操作技术和无菌器材;对细胞株进行正确标记和冻存;细胞传代、进行细胞实验时规范操作;从可靠权威的单位采购细胞株;定期对细胞株进行细胞株鉴定。

参考文献:

1.American Type Culture Collection Standards Development OrganizationWorkgroup ASN-0002, Cell line misidentification:the beginning of theend. Nat Rev Cancer. 2010Jun;10(6):441-8.

2.Masters JR et al., Short tandem repeat profiling provides aninternational reference standard for human cell lines. Proc Natl AcadSci U S A. 2001;98(14):8012±8017.

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