《庆余年》其实根本就不是一部穿越剧，而是文明重启下的一个实验。
人类在宇宙中发现了两个类地宜居星域，正当人类对这两个星域进行环境改造，准备未来宜居的时候，地球上的两大军事势力却爆发了核战争，将整个人类文明毁于一旦。地球从此变成了被核辐射笼罩下的人间炼狱。
少部分幸存的人类向两大星域移民，地球倒退回了原始时代。而就在这场浩劫中，地处于荒凉北极的一所军事科技博物馆，侥幸的躲过了这场灾难，它就是神庙。
神庙由一台超级智能光脑管理，它的核心目的就是保护并重启人类文明。人类文明被毁灭的无数年之后，智能光脑发现了在地底生活了数十万年的人类。而这些人类已经进化成了可以和核辐射共存的体质，并且还能将吸收的辐射化作真气为己所用。同时，这些人类已经早已失去对曾经科技人类文明的一切记忆。
智能光脑通过大量运算，分析出了一个结论，那就是，人类的文明进步只能造成人类和大自然的毁灭！
这正应了那句话，“人类毁灭不了地球，能毁灭的仅能是人类自己。”
因此，智能光脑一边通过神庙内的高级机器人寻找世界各地的幸存人类，一边又有意压制人类文明的发展进程，将人类的科技水平控制在封建时代。一旦有人发明跨时代的科技，机器人就会将其无情的抹杀。五竹，就是神庙中的高级机器人，也是神庙派出的第一代使者。
神庙秘密的扶持大魏国，令其统治了世界一千多年。这种安逸让大魏国的皇族开始变得昏庸无能，并痴迷于寻找长生不老药。他们开始把目标盯上了远在北极的神庙。
同时，叶轻眉从神庙中醒来。叶轻眉其实是融合了旧人类的记忆植入，在记忆中，他是一个工科女博士。同时，她还是新人类基因融合的克隆天脉者。所以本质上，叶轻眉根本就不是穿越者，而是智能光脑的一个实验品。
大魏国皇帝派出肖恩和苦荷，来到神庙寻求长生不老药。机缘巧合的在两人的帮助下，叶轻眉逃出了神庙。她改编了五竹的源代码，将其设定成为了自己的忠实保镖，并带走了一把巴雷特狙击枪和数本武功秘籍。但实际上，这些武功秘籍是通过电脑演算出来，教导人类如何利用核辐射，来增强自身真气达到一种极致的方法。也就是所谓的如何成为大宗师！至于叶轻眉，她本是基因克隆的天脉者，所以叶轻眉的身体并不能修炼真气。
苦荷从叶轻眉手中获得了天一道法，成为了人类中的第一位大宗师。随后，叶轻眉在东夷城结识了东夷城主的私生子，四顾剑。四顾剑从叶轻眉手中获得了无名剑法，成为了人类中的第二位大宗师。叶轻眉也通过四顾剑，打通了东夷的经商要道。
在庆国的澹州，叶轻眉又结识了三位年轻人，其中就有不受宠爱的庆国皇子，他就是庆帝。另外两位一个是庆帝身边的太监，叶轻眉后来给他改名为陈萍萍。还有一个就是庆帝奶妈的儿子，范建。这就是为什么陈萍萍和范建后来能够身居庆帝身边要职的原因。
为了改变当时社会权贵阶层的思想，做到真正的人人平等，叶轻眉决定让自己人成为这个时代的最高统治者。叶轻眉将霸道真气传给了庆帝，这使得庆帝成为了这个时代最强的大宗师！叶轻眉成立内库，在资金上为庆帝铺路，并用巴雷特干掉庆帝的两个哥哥，助庆帝成功登基。叶轻眉打造了谍报组织，成立监察院。明面上，监察百官以及敌国情报，实则也在监察着皇权。
在叶轻眉的改造下，南庆终于成长为可以和大魏国抗衡的超级强国。
南庆通过三次北伐使得大魏国分裂。战青风借助弟弟苦荷的力量，成为了超越皇族的势力，其子取代魏国皇帝，改国号为齐。四顾剑则暗中推动东夷城直接独立。大魏国所剩的领土和军队归了齐国，主要的经济支柱归了东夷。就这样，南庆、北齐、东夷，成了三足鼎立之势。而这三个新兴国家的兴起，其实都是叶轻眉的计划目的。
叶轻眉给三国带来了很多先进的科技理念，可以说，此时的叶轻眉已经改变了这个世界。但是让叶轻眉没想到的是，庆帝其实是一个封建统治的捍卫者，两人之间产生了不可调和的矛盾。为了巩固自己的统治杀掉叶轻眉，庆帝用谎言骗叶轻眉支开五竹。当五竹赶回来时，叶轻眉已经死了。还好五竹救下了叶轻眉的孩子，也就是范闲。
而身处险境的叶轻眉，也早早就把自己的理想寄托在了儿子范闲身上。她希望范闲未来能够继承皇位，实现自己的人人平等的梦想，并给范闲也植入了旧人类的记忆。
所以范闲也根本不是穿越者，而是拥有旧人类文明科技思想的一个当世者。
接下来的故事，就如大家所见了……
