“文宗即位，（肃顺）擢内阁学士，兼副都统、护军统领、銮仪使。以其敢任事，渐乡用。咸丰四年，授御前侍卫，迁工部侍郎，历礼部、户部。”
由于肃顺善于逢迎皇帝，办事则不仅老练周到，而且还非常有胆识，“敢任事”，有作为，不像道光朝留下来那一大帮只会每天打卡上班领皇粮，当一天和尚撞一天钟的庸碌之辈。相处日久，比起表面职务上的升迁，更重要的是咸丰不论在政务上和感情上，都对肃顺愈加倚重和信任。因此恭亲王奕訢被贬抑后，肃老六实际上已经成功代替恭老六，成为了天子身边的第一近臣。
肃顺后来在“辛酉政变”这场政治斗争中落败，导致他的缺点和过失被政敌们无限放大，称其骄横、跋扈、揽权，而所取得的功绩则被掩盖和忽略。实际上，肃顺称得上是一位能人，而他之所以在仕途上一路青云，最后却落得身败名裂的下场，和他本人性格有很大关系。总的来说，肃顺是一个格局大，能力强，但野心也很重的人。
所谓格局大，肃顺虽为满人，而且是爱新觉罗皇族，但他并不拘泥于满汉的门户之分。且恰恰相反，肃顺认为在内外交困的局面下，颟顸的满人不足恃，必须依靠有能力的汉人来挽救大清江山。而在汉人当中，“肃顺推服楚贤”，曾国藩、胡林翼、左宗棠、郭嵩焘等湖南人，都为肃顺所保举和重用。“平时与座客谈论，（肃顺）常心折曾文正公之识量，胡文忠公之才略。”
咸丰十年（1860年），太平军攻陷江南大营，以致人心惶惶，时人皆谓不出曾国藩不足以安天下。当时咸丰皇帝担心以大事托付曾国藩，会让汉人操持权柄，对朝廷构成威胁。后来是在肃顺的坚持和保荐下，咸丰才重新启用在家守制的曾国藩，以其出任两江总督，稳住了东南战局。
而对左宗棠，肃顺更是称得上对其有再造之恩。当时左宗棠为湖南巡抚骆秉章幕僚，据说因永州镇总兵樊燮对其无礼，两人产生了矛盾，甚至还发生了肢体冲突。骆秉章上疏劾罢樊燮官职，而樊燮则通过湖广总督官文反咬一口，要拉左宗棠垫背。这件事上达天听后，咸丰降旨要求彻查此事，“如左宗棠有不法情事，可即就地正法。”事态一下就严重了。
左宗棠当时虽只是骆秉章的一个师爷，但实际上当时湖南一省的军令政务，皆出左宗棠之手。肃顺深知左宗棠是个人才，不能因此丢了性命，因此当咸丰问及他的意见时，肃顺尽力回护。
“闻左宗棠在湖南巡抚骆秉章幕中，赞画军谋，迭著成效，骆秉章之功，皆其功也。人才难得，自当爱惜。请再密寄官文，录中外保荐其疏，令其察酌情形办理。”
咸丰采纳了肃顺的意见。官文见皇帝要他“酌情办理”，立马知道了上边的意图，便没有为难左宗棠。若非肃顺居中调停，或许左宗棠此刻便脑袋搬家，也就遑论后来大张挞伐，收复新疆的壮举伟业了。因此甚至可以说，后来同光时期中兴名臣的大半个队伍，都是肃顺这几年给拉起来的。
所谓能力强，肃顺并不只是在咸丰面前磨磨嘴皮子，他是那种雷厉风行、杀伐果决，能干大事、办实事的人。咸丰八年（1858年）到咸丰九年（1859年）之间，肃顺历任礼部尚书和户部尚书时，就以“严禁令、重法纪、锄奸宄”这九字纲领，分别办理了“戊午科场案”和“户部宝钞案”两个大案。
在戊午科场案中，最初是御史举报，当年的北闱（顺天府乡试）中存在贿考舞弊，调换试卷之事。旗人平龄是个游手好闲，爱唱京剧的富家子弟。在考试期间，平龄还在外面唱戏，发榜后却高中第七名，以致物议沸腾。彻查之下，贿考中榜者竟有50人之多，这其实也是道光一朝官员因循，闱风日下所产生的不良后果。
此案牵连出的最高层，为主考官柏葰。柏葰官居文渊阁大学士，是内阁一品大员。在科场案中，柏葰疏于失察，本罪不至死，咸丰本意也是宽宥其罪。但肃顺认为乱世应用重典，非杀柏葰不足以改变科场舞弊的不良风气。最终在肃顺的坚持下，咸丰下旨判柏葰斩首。
《清史稿》柏葰传中评论道：
“自此司文衡者懔懔畏法，科场清肃，历三十年，至光绪中始渐弛，弊窦复滋，终未至如前此之甚者，实文宗用重典之效，足以挽回风气也。”
此处所谓“文宗用重典”，其背后实际上是肃顺所推动。到后来肃顺任户部尚书，查办宝钞案时，也是对其中官商勾结、贪污贿赂的行为穷追彻查，一举扳倒了曾经管理户部，后官拜体仁阁大学士的翁心存。肃顺的这一系列动作，让贪官污吏为之颤栗，使晚清官场对贪腐习以为常的污浊政治生态随之焕然一新。
肃顺的“重典”，在扫清官场积弊的同时，也得罪了不少贵族官僚。舆论指责其滥杀重臣，专权跋扈，杀柏葰、问罪翁心存，其实是为了排除异己，独揽大权。此类评论，大多都是利益受损的官员们的怨言。就连后来咸丰北狩热河，肃顺因物资紧张，裁减六宫费用，都被慈禧所记恨。可见只要进行改革，必然会触动一些人的利益，自然也免不了受到一些苛责。
然而，要说肃顺完全是公忠体国，毫无私心，也不尽然。翦除柏葰和翁心存，事实上为怡亲王载垣，郑亲王端华，以及肃顺组成的铁三角扫清了障碍，而肃顺作为这个铁三角的核心，自然能圣眷日隆。而将肃顺野心展露无遗的，是他对待恭亲王的态度。
自咸丰五年以后，恭六退而肃六进，而且恭亲王犯下“礼仪疏略”之过时，肃顺正好任礼部侍郎。肃顺心里明白，自己是踩着恭亲王的肩膀上位的。万一咸丰顾念旧情，重新重用恭亲王，那么疏不间亲，肃顺势必要屈居恭王之下，这是他所不能接受的。
肃顺只有不遗余力地排挤恭亲王，才能保住自己来之不易的权位。在咸丰末年，皇帝对肃顺几乎言听计从，因此，咸丰对恭亲王的态度，基本代表了肃顺的态度——不是“敬而远之”，而是“用而远之”。
“用”，是因为不得不用。与太平天国的战争仍然胶着，北方又遭进犯。咸丰七年（1857年），洋人启衅于天津大沽口，咸丰复授恭亲王都统一职，咸丰九年（1859年），再授内大臣，协助办理洋务。而“远”，则是咸丰一直对恭亲王刻意保持着距离。
在咸丰十年（1860年），英法联军入侵，打响了第二次鸦片战争。咸丰最初派怡亲王载垣和尚书穆荫前往议和，不料载垣以议和为诱饵，拘禁对方使者巴夏礼等39人，其中20人在狱中死亡，激怒了英法联军，致其大举进犯京师。咸丰带着肃顺等人以“木兰秋狝”、“北狩”为名逃亡热河，却把恭亲王留在北京与洋人谈判。
与洋人们议和，是个吃力不讨好的苦差事。若谈判破裂，便是有负天子重托；而若和议谈成，又必然是城下之盟，落得个卖国贼的骂名。肃顺近在天子之侧，可以狐假虎威发号施令；而恭亲王独守京城，与咸丰相隔数百里之遥，不得见面，更易遭到猜忌。
当时群臣反对咸丰北狩的联章中，有这样一条理由。
“若使乘舆一动，则大事涣散，夷人借口安民，必至立一人以主中国，若契丹之立石敬瑭，金人之立张邦昌，则二百余年祖宗经营缔造之天下，一旦授之他人，先帝托付之谓何？皇上何以对列圣在天之灵乎？”
夷人要立的这个“儿皇帝”还能是谁？大家心中有数。因此咸丰一旦北狩，恭亲王不仅身负千斤重担，而且还居于疑谤之地。胡思敬在《国闻备乘》中记载的一则故事，证明这种忧虑也并非空穴来风。
“文宗北狩，已得疾，内外惶悚。英人欲拥立恭亲王奕訢，如契丹待石晋故事，恐廷臣异议，未敢轻发。合约成，大宴夷酋于礼部，英法皆以兵往，议尊恭王绝席，令王公以下皆跪迎，以觇人情向背。”
而在后来《北京条约》签订后，咸丰流连于热河行宫，纵情声色，以致病体日衰，不愿回銮。而在肃顺阻隔之下，咸丰也不准恭亲王到热河探视，一直到死，两兄弟都没有再见上一面。由于无法面谈，咸丰失去了与恭亲王彼此释怀的机会，反而对他疑虑更深。成天围在身边献忠心的，只有肃顺以及载垣、端华等人。
咸丰十一年七月（1861年8月），咸丰在热河行宫驾崩，临终前留下遗诏：
“召御前大臣载垣、端华、景寿、肃顺，军机大臣穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛宣谕立为皇太子。命载垣、端华、景寿、肃顺、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛赞襄政务。”
咸丰在遗诏中指定的“赞襄政务顾命八大臣”里，有七人是肃顺一党，外加一个惯当老好人的额驸景寿，并且将宗室中与咸丰最亲的恭亲王奕訢踢出顾命之列。两位“六爷”历经多年的明争暗斗，最终是由肃老六取得了阶段性的胜利。
幼主新立，两宫无能，帝胤失势。从此以后，朝廷便是我们的天下了——肃顺为咸丰“承写朱谕”完成后，内心里或许这样想着。
