话说特殊年代的问题让马季打侯宝林的故事一直流传，而郭德纲和马季的儿子马东做客节目也曾澄清过这一问题，那就是马季并未打过侯宝林，可能是媒体当时的过度误解。但马季和侯家之间的恩怨是非却也存在，并且至今两家似乎也不再来往。
马季作为侯宝林的徒弟，对于马三立也十分崇拜，对马三立也是感情很深，慢慢的马季和马家的关系越来越密切，并且马季的弟子姜昆、刘伟等都慢慢和马老靠拢，他们都对马老的相声艺术极为崇拜。马季和马老的交好也让侯宝林有些不悦。
马季和侯宝林之间的矛盾是因为曾经的一张大字报，至于外界流传的打人事件并不存在，但这张大字报让侯宝林和马季师徒反目，侯家更是对马季恨之入骨。不过当那个年代结束之后，马季多次给侯宝林道歉，直到侯宝林生命快结束的时候才念到师徒情分原谅了马季，希望他能继续讲相声艺术传承下去。但虽然侯宝林原谅了马季，可侯家包括侯耀文和侯耀华等侯氏子女却对马季仍然嗤之以鼻。而2001年马三立从艺80周年告别演出上，马季为马老题字，书道：前往古人，后无来者。这八个字堪称当时对马三立的绝对追捧，将其作为当时相声界的NO.1，这让侯氏兄弟更加恼火，毕竟作为徒弟的马季从未如此卖力的评价自己的师父。以至于马季去世之后，侯耀文都不承认马季相声大师的地位，可见侯家对马季还是很有意见，更多的也是个人恩怨。
不过马季从给侯宝林多次道歉其实也说明他也在反思以前的错误，并且能够多次锲继续道歉也最终打动了侯宝林，毕竟师徒一场，没必要非要情同陌路。而马季对于侯家也是持宽容态度。曾经侯耀文力排众议收郭德纲为徒，马季也对郭德纲表示支持，并且送了郭德纲一幅字，这些举动不仅仅是支持郭德纲，也更是给侯耀文面子。潜台词就是：你看，我对你徒弟都这么好，你为何对我还有这么大偏见呢？而马季也是为数不多的支持郭德纲的相声大师。不过侯耀文并不领情，依然多次在某些场合暗讽过马季的行为。
可见，侯家和马季之间因为相声相识，因为特殊时代的故事而结怨，也因为相声圈的关系而越行越远。
