1938年日军迅速南下，山东省主席韩复渠为了保存实力率领亲信部队撤出山东，日本人几乎兵不血刃就占领了山东，在山东各个城市中有一个让日军各位重视，那就是山东的曲阜，在攻打曲阜时日军没有出动任何作战飞机，占领之后举行了盛大的参拜仪式。
曲阜被占领前一天蒋介石命令国民革命军二十师师长孙桐轩带衍圣公孔德成连夜撤出曲阜，孔家一切事物孔德成都交给了孔令煜。孔令煜为了保护地方百姓把孔府府门大开，当地百姓纷纷拖家带口前来孔府避难。第二天日军攻陷曲阜，果然对三孔秋毫不犯，甚至派兵把守。
日军没对三孔动手是有原因的，儒家思想影响东亚乃至世界，日本也深受儒家思想影响，基本所有的日本士兵在接受武士道精神洗脑的同时也或多或少的接受过孔子的学说，日军进攻山东前，日本的著名教授高田真教授上书天皇，一定要保护山东境内古迹，特别是三孔，否则日本将被世界所谴责。天皇看到后连慢给日军大本营下达命令，对三孔要严格保护，孔子后人不许伤害，日后如果有机会他将亲自参拜孔庙。
不久日军在孔庙举行了盛大的祭孔仪式，很多军官纷纷向孔府捐钱，很多钱都是日军烧杀抢掠来的不义之财，事后孔令煜把这些钱秘密支援了抗日武装。但除了三孔其余的文物就没那么幸运了，祭祀孔子父母的庙宇设为了慰安所，日军盗掘周公庙，屠杀地方百姓几乎无恶不作。日军虽然读了圣人之书，但他们却玷污了圣人之言。
