抗战中期以后，国统区的腐败现象日益严重，美金公债舞弊案是其中的典型个案。1945年春季的一天，重庆国民政府接到了几个国库局的年轻工作人员的秘密检举。他们声称自己是国库局的工作人员，掌握了国库局内的一桩巨额舞弊案的证据，而在政府内部有一个大人物也牵扯了进来。这个人就是孔祥熙。
案发后，社会“反孔”情绪日趋强烈，蒋介石不得不考虑“换马”。但孔是蒋的姻亲，有霭龄、美龄“护孔”，“换马”谈何容易。此事竟使得蒋介石在日记中写道：“苦痛极矣”。
孔祥熙亦官亦商，聚敛了巨额资财，在官僚资本家中居于首位。孔在从政前虽也有些资产，但成为国中首富是到南京政府做官之后。他利用手中所掌握的权力，在使国家垄断资本孔家的资本主要是商业资本，他家的山西裕华银行只是商业资本的保姆，工业资本则多半是他人依附或偶尔为之。抗战时期孔家的商业，主要由他的精明能干、长于敛财的妻子宋霭龄和长子孔令侃、次女孔令伟经营的。抗战前，宋霭龄曾伙同宋子良、陈行、徐堪等在上海组织七星公司，专做证券、标金、棉纱、面粉等的投机，在交易市场上多次掀起风潮，引起对手的怨恨和舆论的抨击，但由于有蒋介石和宋美龄的庇护，终于无事。抗战初期，宋霭龄仅在套取外汇的投机中，据说就“捞了 8000万英镑”。
1939年时，宋霭龄在美存款，居重庆政府“所有要人在美国银行中的存款的第一位”，被美国记者赛利文称为“中国人民的钱袋”。孔的长子孔令侃在21岁时，便被蒋介石指派为中央信托局常务理事，肩负实际责任，他利用进口军火大获巨额回扣；抗战期间利用西南运输公司，掌握“国家专运”特权，趁机装运私货，走私贩私，获取暴利。孔令侃“经商赚钱”的本领，曾经受到孔祥熙的夸奖。孔的次女令伟在重庆掌管祥记公司、广茂兴、晋丰泰等企业，利用当时工不如商、商不如囤以及豪门权势，大搞囤积居奇等不正当经营，大发国难财。至于1944年的朋分美金公债案，更使重庆山城舆论沸沸扬扬。
要查公债舞弊案，蒋介石碰到的第一个困难是，孔祥熙不在国内。1944年6月，孔祥熙在美国治病。1945年4月10日，蒋介石致电在纽约的孔祥熙，指出在停售美金公债后，仍有1100万余债券在继续交易，应予追缴。4月11日，孔祥熙复电称：“……弟不详悉……。俟弟病稍愈，即当回国亲自处理。”中央银行长期掌控在孔祥熙手中，其势力盘根错节，蒋介石已经感到，美金公债舞弊案和中央银行的问题比较棘手。长期以来，孔祥熙的贪渎名声早已流传在外，口碑甚坏，但是，孔是蒋的姻亲，宋霭龄、宋美龄都“护孔”，蒋在财政上也要依赖孔，因此，外间虽反孔，而蒋介石却常加维护。7月8日，孔祥熙回到重庆。7月11日，陈布雷告诉蒋介石，已有人在参政会提出美金公债舞弊案，蒋于是立即召见孔祥熙，将此案调查经过、事实、人证、物证一一告诉他，“嘱其好自为之”。
蒋这时的态度还是要保护孔祥熙，不料孔却“不肯全部承认”。13日下午，蒋介石再次召见孔祥熙。这一次，蒋就不只是空口白说，而是向孔展示证据了：“直将其人证、物证与各种实据交彼自阅。”但孔仍坚决否认舞弊，甚至赌咒发誓。蒋不得不拉下脸来，“严正申戒”，孔这才“默认”。蒋介石见孔祥熙不再强辩，态度又转为温和，“嘱其设法自全”，将主动权交给孔，要他自己寻找解脱办法。当日蒋介石日记云：“余以如此精诚待彼，为其负责补救，而彼仍一意狡赖，可耻之至！”14日上午，蒋再次与孔祥熙谈话，据蒋介石日记记载：“彼承认余之证据，并愿追缴其无收据之美金公债，全归国库也。”15日，蒋介石反省上周各事，在日记中写道：“傅斯年等突提中国银行美金公债舞弊案，而庸之又不愿开诚见告，令人忧愤不置。内外人心陷溺，人欲横流，道德沦亡，是非倒置，一至于此！”
孔祥熙一面在蒋介石面前承认有问题，但同时紧急布置国库局采取应付措施，组织18个人连夜造账，对付审查。21日，孔令仪携孔祥熙复函见蒋介石，对陈赓雅等人检举的1150余万元美金公债的下落作了交待，但仍不肯承认这一过程中有任何舞弊不端行为。孔令仪是孔祥熙长女，自幼深得蒋介石的喜爱。孔祥熙让令仪递送报告，自有其考虑，但是，对令仪的喜爱和对舞弊案的查究是两回事。当日蒋介石日记云：“庸之图赖如前，此人无可理喻矣！”
7月24日，蒋介石发布命令，准予孔祥熙辞去中央银行总裁一职。同日，又手谕孔祥熙：“姑念抗战以来努力金融，苦心维持，不无微劳足录。兹既将其经办不合手续之款如数缴还国库，特予从宽议处。准将国库局局长吕咸、业务局局长郭锦坤免职，以示惩戒为要。”蒋介石这样写，是一种大事化小的办法，旨在为以后的进一步调查定下基调。事实上，他并不想彻底查清。8月16日日记云：“晚检讨中央银行美债案，处置全案，即令速了，以免夜长梦多，授人口实。惟庸之不法失德，令人不能想象也。”为了维护自己的统治，提高行政效率，蒋介石愿意在一定程度上和一定范围内反贪腐，但是彻底查下去，反下去，就会“夜长梦多，授人口实”，产生影响，危害自己的统治。所以他要下令“速了”。17日，他约请司法部部长谢冠生、俞鸿钧及陈其采会商办法。8月26日，陈、俞二人向蒋书面报告，将此案的性质轻描淡写地定性为：“未按通常手续办理，容有未合”，“亦有未妥”。
蒋接到报告后，未有新指示，一场轰动一时的舞弊案件就此画上休止符。一个腐败的政权是不能真正反腐败的。
