2012年9月14日中午，南怀瑾咳嗽不止。日夜照顾他的弟子们感受到了前所未有的压力，如此久咳，对于一个年已94岁的老人而言定然不是好事。
经过商议后，弟子们提议让南怀瑾住进医院。南怀瑾本并不想去医院，可因看到弟子们为照顾他费了太多神，他点头应允了。
当天下午，为减轻日夜照顾他的弟子们的负担，南怀瑾住进了上海中山医院。
其实，早在8月份，南怀瑾就因为身体不适而闭门修养了，当时弟子们曾建议南怀瑾入院检查，可他一直拒绝，他拒绝的原因，多少与他相信中医而非西医有关。他不信任西医诊治，可为了弟子们安心，他依旧接受了西医治疗。
抵达医院后，南怀瑾接受了一系列的检查，包括心电图、血压等。医生给他开的药是一些消炎、化痰和利尿的药物，南怀瑾看到药物后没说什么。服下药物后，南怀瑾的症状得到了一定好转。
弟子们见他的症状好转，立即又让医生做了CT以便进一步确诊病因，CT结果显示，南怀瑾的肺部有真菌感染，还有一些阴影，需要进一步检查。
南怀瑾最终拒绝了医院的治疗方案，理由是：他不愿意浑身被插满管子。医生听了后表示：“那一切就要靠自己了。”
南怀瑾听了后，写下了两个字：“明白”。
说到底，南怀瑾来医院的目的，纯粹只是为了给弟子们减轻一些负担。所以，任何实质性的治疗，他都不想进行，复杂、有创的检查，他也不愿意做。
知道南怀瑾病危住院后，他的弟子们从四方八方赶来探望他，他为弟子们写下了两个字，也算作他的遗墨了，这两个字是“平凡”。无疑，此时的他，对自己的身体了如指掌，自己的身体将在何时熄灭，他非常清楚。
9月15日，南怀瑾的次子南小舜和四子南国熙再次来到上海看望父亲。南小舜是南怀瑾与原配王翠凤所生的儿子，南国熙则是南怀瑾到台湾后与第二任妻子杨向薇所生。
左一南怀瑾长子南宋钏；右一为次子南小舜
6天前，南怀瑾病重时，南小舜和南国熙就专程从外地赶来看他。如今他一入院，他们又再次放下所有赶来。见他们风尘仆仆的样子，南怀瑾心里满是欣慰却也很是心疼。见他们一脸急切地看向自己，感觉自己时日无多的南怀瑾不禁悲从中来，他看了他们良久后忽然道：“孩子们，我对不起你们啊。”
听到这话后，南小舜和南国熙都哭了，他们一哭，旁边的弟子也忍不住掉下了眼泪。
弟子们知道，南怀瑾多年来为公而忘私，他一直没有时间陪伴家属，就连自己的母亲，也是原配王翠凤替他养老送终，他根本没法在母亲跟前尽孝。他与双亲，最后一次见面还是在1947年。
母亲一直活到了1990年，才以100岁高龄辞世，可自1947年到辞世的整整43年里，她竟再未见过儿子南怀瑾。
对母亲如此，对妻子、子女亦是如此。
1949年，南怀瑾离开大陆赴台湾时，长子南宋钏年仅14岁，次子南小舜则刚刚12岁。此后的很长一段时间里，他们的世界里，父亲的位置是空缺的。
赴台与杨向薇结婚并生下四子女后不久，南怀瑾就投身到了中华文化复兴运动中，期间，他鲜少管顾家里。家里的大小事，几乎全是妻子杨向薇在照料。
南怀瑾与第二任妻子和四子女合影
长期无法生活在一起，加上后期南怀瑾始终有“视家人为天下人，视天下人为亲人”理念，他和子女们慢慢疏远了。
南怀瑾的儿子来父亲创办的学堂读书期间，每次吃饭都要交费，而南小舜他们每次来看他时，也并不允许和他住在一起，而是必须自己掏钱付租房钱。
任何时候，他们想要见父亲，得和普通人一样先预约。有时候，南怀瑾甚至会为了约见一些重要的人，而将他们的预约往后推。
在外人看来，这是南怀瑾不爱自己孩子的表现，可他的众多弟子们却知道，南怀瑾这样做，实际是在“助道”子女。这点，南小舜是在很多年后才悟明白的，也是在明白后，他才会感叹父亲对自己的这种特殊的“助”，他说：
“能与南老师结上子女的亲，毕竟是有些华严因缘，本来就是万缘不缠一身轻的，这样的对待，就是一种助道的方式，让我充满感激之情。”
听到那句“我对不起你们”时，南小舜和弟弟南国熙还未明了这种“助”，还未悟明白的他们，在听到父亲这句话后的“哭”，多半是委屈。可到了这一刻，他们多年来对父亲疏远他们的种种也已释怀，所以，他们南小舜哽咽着告诉父亲说：
“爸，不要这样说，都过去了，都过去了，不要说了。”
这些年，南小舜和南国熙打心眼里觉得：弟子们和父亲南怀瑾更亲近。弟子们如何觉得呢？在弟子们眼里：他们的南师对子女疏远，绝不是无情、没有爱，而是他太爱世间人。有的人生来是为自己活，有的人生来却是为天下苍生而活，他们的南师，恰是后者。可最大的爱，往往容易被误解为“无情”，他们的南师就一直承受着这般误解。
父亲南怀瑾离世很多年后，南小舜才了解到：父亲一生都在慈悲地布施，以舍家、舍财，甚至舍生命的方式。
也只有这样的南怀瑾，才会在身体不舒服仍坚持讲课时说：‘了不起死了就算了。’
追随南怀瑾30多年的弟子刘雨虹（与南怀瑾亦师亦友）最懂南怀瑾晚年“舍命”的种种，她说：
“他九十多岁眼睛就白内障，看不见东西。经常是我念稿子给他听，他用这种方式校对稿子。后来，他身体很难过的时候甚至跟我说‘昨晚很难受，真想一走了之’。以他的功夫绝对可以想走就走，但他没有走，他让生命的烛光一直燃烧到最后，让他的生命燃烧到不能再燃烧为止。这就是南老师的‘佛为心’，此心就是慈悲。”
晚年刘雨虹
也只有到了把一切都“布施”之后的最后时光，南怀瑾才再次吐露他身为人父的撼言，将他对子女的怜惜表达出来。鲁迅言：“无情未必真豪杰，怜子如何不丈夫？”鲁迅如此，南怀瑾亦是如此。
南怀瑾住院期间，来探望者络绎不绝，他极少说话。写完“明白”“平凡”四字后，他也不再写字了。在医院的几天时间里，他极少躺下，总是坐着。他偶尔还会活动一下自己的脖子、腰部，似乎要确认他们是否还“能用”。
每次的简单活动之后，他就会像平时打坐那样，盘腿稳坐不动了。
9月18日的那次打坐，他一坐就是整整一夜。期间，他的学生一直尽心陪着，生怕有任何意外发生。可整晚，南怀瑾都极安详，且气定神闲，仿佛一切都在掌握之中。
9月19日早上6点多，南怀瑾的学生忽然听到他们的南师身体里传出一种类似于“开关关闭”的声音，这声音不大，但他们却听得极清楚明白。
听到这个异常的声音后，他们迅速去查看南怀瑾的身体，他们发现：他已经没有了鼻息，脉搏也近乎停止。
弟子们迅速将医生叫来，医生给南怀瑾进行心电图检查的结果是：其心电图已近乎直线，要隔很久才有一个“微小”的凸起。
医生的诊断结果是“不建议进一步检查”，也就是说：医学上认定，南怀瑾已经过世，应当开始处理后事。
可南怀瑾的弟子们并不如此认为，他们清楚：自己的师父不是普通人，他的心电图近乎直线，极有可能仅仅因为他已“入定”。医生虽不懂佛道禅修，却也知道人入定后，心率会慢下来，呼吸会进入龟息一样。
南怀瑾打坐
南怀瑾的弟子们认为南怀瑾并未死亡的另一个原因是：他被医生宣布“死亡”时，瞳孔还没有放大，脸颊还堪称“滑润”。
南怀瑾的家人也如此认为，或许，他们是受了弟子们的感染，亦或者是不愿意接受其死亡。总之，他们和弟子们一致认为：南怀瑾只是入定了。
于是，经商议后，被医学确认死亡的南怀瑾于9月19日下午4点多，被送回到了太湖大学堂。之后，他被躺放在自己卧室的床上“休息”，每天有6人负责看护他。
可躺在床上多天的南怀瑾看起来一直没有什么“变化”：身体未发出异味，皮肤也未变色，只是看起来像比先前瘦了些。
9月28日，即南怀瑾被送回太湖大学堂整整9天后，他的两名学习西医的弟子从香港赶来。他们来了后查看了南怀瑾的身体，提出：应当再用科学的手段对其身体进行一次检查，以确定他到底有没有死亡。
第二天，两人从医院借来相关仪器。在对南怀瑾的身体进行一系列的检测后，他们带着极痛苦的表情告诉所有紧张等待结果的人：“南师的这副身体确实已经不能用了，他已经离开了。”
随着这一结果的被公布，众弟子和家属们才围跪在南怀瑾的遗体旁痛哭。
确认南怀瑾已仙逝后，弟子们按照佛家规矩将他的遗体进行了荼毗。荼毗是僧人死后进行的火葬，在火葬前，弟子们必须为他们的南师盖起荼毗。
南怀瑾的荼毗一共用了2000斤木柴，这些木柴的一部分，来自于一棵曾经栽种在南怀瑾房间窗外、在8月就被台风吹倒，还来不及处理的巨大银杏树。
南怀瑾
荼毗定在9月30日开始进行，荼毗仪式格外庄重，仪式过后，南怀瑾的遗体被进行了火葬。这次火葬总共进行了三天三夜才结束。按照程序，南怀瑾的遗体被火化后，还必须经过两天两夜的冷却，才能真正“开炉”。
开炉那天，已经是10月5日。弟子们在检视其遗骨时发现：
“其头骨完整性达到90%，头骨上还有多处呈现出金色，且其舌头、舌根完整，变成了透明‘莲花舌头舍利’。”
弟子们还在火化炉里拣集了上百颗舍利子，这些舍利子呈各种颜色，有的看起来极圆润。随后，南怀瑾的舍利子被送到了四川成都文殊院，在那里将举行法会以示纪念。
对于笃信佛教的人而言，南怀瑾死后的种种，是一件值得高兴的事。可普通人却多少会觉得：焚烧3天3夜，舌头完整，且烧出上百颗舍利子，这事过于离奇了。
舍利子
实际上，不仅普通人无法接受这一结果，就连南怀瑾的学生，也并没有完全接受这一切。毕竟，这一结果，太过离奇了。
“事出反常必承争议”，南怀瑾之死，一直承受众多争议。
质疑一，绝大多数人认同医院的诊断，认为其弟子们和所谓“秘书帮”坚称南怀瑾只是“入定”，是为了把持其遗体，从而达成某种目的。
质疑二，人们对南怀瑾被医院宣布死亡后，“遗体没有变化”的说法持怀疑态度，认为当时天气炎热，哪怕南怀瑾房间一直开着空调，其遗体也一定会出现“异常”，只是他们不承认罢了。
质疑三，人们怀疑舌头完好系编造，且烧出舍利子也不可采信。持这种质疑者，多为不相信佛家“舍利子”确实是“客观存在”的人。
南怀瑾一生和他的死一样，充满着争议。这位一生著作等身的大师，生前死后，始终褒扬与贬低并存。有人骂他是骗子，说他“虚有其名”“道貌岸然”，如李敖等；也有人尊他为道德楷模、精神导师。
南怀瑾
南怀瑾自己对自己曾有过评判，他的这一评判，是他九十多岁时的自评，他说：
“我今年活到九十岁了，我的一生八个字：‘一无所成，一无是处’，还国学大师呢！那个‘大’字上面多一点吧，‘犬’师，狗师差不多！我真的很反对这个过誉的名称。”
后来，他又进一步做了阐述，他说：
“我的一生，八个字：一无所长，一无是处。没有一样是对的。”
这一评判，与他临终前留下的遗墨“平凡”，恰是一种呼应。
末尾，附上南怀瑾创作的一副楹联，此楹联为他与诸弟子们边聊天、边创作出来的那21副楹联之一，联曰：
“回首依依，酒绿灯红，歌舞繁华，大梦场中谁识我；
到此歇歇，风清月白，梵呗空灵，高峰顶上唤迷徒。”
