侬智高被击败，带领所剩败军从合江逃到了大理，此次战役中虽取得了重大的胜利，但并未抓住叛军的首领侬智高，这让朝廷仍以为患。所以，朝廷派了七州都巡检使王成、广南西路都监萧注和于震共同追捕侬智高。
孙沔和狄青相继回朝，但余靖则并未回京领命，余靖留在邕州做战后的处理。余靖主要任务是清理侬智高的余党、稳定广南东西路的民心。其职责完成后，不再回京任职，而是仍知桂州。
侬智高的叛乱已经平定，此时独留余靖在广南西路的桂州是朝廷特意为之，并非是余靖在此次平乱中无功，相反余靖在桂州实为替朝廷镇守广南两路。余靖对此地区的风俗和民情了解较深，对恢复战后广南两路的经济和社会秩序有益。这正是朝廷看中余靖能力的特别处置，也是余靖在平定侬智高叛乱中起作用的重要表现之一。
朝廷经过一系列的措施缓和了受战灾地区的矛盾，保证了广南两路的基本稳定，狄青出征大败侬智高叛军，让军情紧急的广南两路转危为安，仁宗甚为大喜。
此次仁宗仍问策于庞籍，是否可升狄青为枢密使。庞籍的回答是不可，同时庞籍向仁宗指出，太祖时期慕容延钊收复荆南、湖南等地的例子，说明只能厚赏于武将大臣，不可将其升为枢密使，掌握实际的军权，此乃祖宗之法。
另外，庞籍还提到如现在升狄青为枢密使，那日后狄青如再立更大的战功将如何封赏？而且，如今朝中宰相并不缺位，如若突然升狄青为枢密使，会引来朝堂非议，这样的做法既有损朝廷利益，又会给狄青招致更多的怨恨。庞籍在劝阻仁宗时，数次提及，朝廷向来是以文臣为宰相，武臣不可担此重任。这很明显的是作为文臣宰相对武臣为相的一种不信任。
庞籍的此次劝说没有改变仁宗的想法，仁宗认为对狄青的赏赐太薄，所以升狄青为枢密使，孙沔为枢密副使，在此次的平定侬智高叛乱中只剩下余靖未加封赏。
总之，在基本平定了侬智高叛乱之后，朝廷下旨将孙沔和狄青都调回京城。而余靖虽升官但差遣仍知桂州，继续替朝廷镇守两广，安抚民心。此次平定叛乱主要负责的三人余靖、狄青、孙沔，都在平叛中做出了重要的贡献。余靖虽没有像狄青一样在平叛中锋芒毕露、取得显赫军功，但余靖在平定侬智高叛乱中、起着不可替代的作用，其主要分为四个方面。
一、余靖从侬智高叛乱后不久，就接命负责经制广南东路和广南西路的盗贼，负责平定叛军。其中曾与余靖共同负责此事的杨畋因治贼不利，令侬智高相继攻下数十州而被罢职，但余靖仍留命负责广南两路的事宜。余靖对此次平定叛贼，付出了将近一年的时间，相比于狄青和孙沔，余靖参与了平定侬智高的始末，对当时的军情和当地的民情都最为了解。
二、朝廷之后派狄青前来帮助平叛时，余靖给予了狄青很大的帮助，并十分配合狄青在前线的人员安排。余靖与狄青本有私人的过节，但是在狄青至滨州整顿军队风气时，余靖作为统帅 先承认自己的不足，为其他的将领和士兵们做了表率。
所以，狄青才能快速有效的调整军队的士气，进一步做好应战的准备。这与余靖不计私人恩怨，积极配合狄青的各项整顿工作有直接的关系。同时，此次余靖的虚心和公正、让他与狄青在共事中化解了二人的误解，二人冰释前嫌、同仇敌忾，在接下来对侬智高讨伐时才取得了大胜。
三、余靖在此次平定侬智高叛乱时在体察民情、安抚百姓、负责各项民事中做出了自己的贡献。在军事调遣上余靖不作更多的调配，狄青身为主帅负责此事。但余靖也作为参谋者把握大的时局方向，保证平定侬智高叛乱能顺利进行。
四、余靖还要负责军队的后援工作，在前线军情紧急时要统筹全局，处理好前线和后方的调度工作。后来在大败侬智高之后，狄青和孙沔相继被调回京城，而余靖则留至桂州，负责处理叛贼余党的清理、安抚救济受战灾地区的百姓。无论是危急时刻还是转危为安之后的和平时期，余靖始终为朝廷坚守广南两路，对宋代西南边疆地区的治理做出了巨大的贡献。
总之，在平定侬智高叛乱中余靖尽职尽责、奔波劳累，虽未像狄青一样取得巨大的战绩，但在狄青大胜的背后确有余靖的辛劳。与其说余靖负责平定侬智高叛乱，不如说余靖在平定侬智高叛乱中，是朝廷掌控大局的参谋者、和平叛各项事宜的后援支持者。
