王莽通过一系列操作后，终于攫取了西汉的政权。只是王莽建立的政权却是短暂的，很快消失在历史长河中。等到刘秀建立东汉后，是以西汉王朝的继承者自居的，对于王莽的一切自然是持否定态度。而且，光武帝刘秀不仅只是停留在对王莽舆论谴责上，为了防止第二个王莽出现，刘秀对中央统治机构做了一系列改革。
西汉时的统治机构
王莽篡汉，证明西汉时的中央统治机构，其统治效果并不是十分理想。因此，刘秀吸取了西汉的教训，对中央统治机构做了一些改变。但首先，我们需要弄清，西汉时的中央统治机构有哪些。
汉承秦制，中央统治机构的最高官是“三公九卿”。丞相、太尉、御史大夫合称三公，其中尤以丞相的权势最为煊赫。
相国、丞相，皆秦官，金印紫绶，掌丞天子助理万机。
太尉，秦官，金印紫绶，掌武事。
御史大夫，秦官，位上卿，银印青绶，掌副丞相。
其中，丞相官行政，是文官之长，太尉管军事，是武官之长。而御史大夫掌监察，是副丞相。按照汉代的惯例，必须先做御史大夫，才能升任丞相。
而九卿包括太常（秦代叫奉常，掌管祭祀祖先鬼神）、郎中令（汉武帝时改为光禄勋，掌皇帝护卫）、卫尉（掌皇帝的宫卫）、廷尉（掌司法）、典客（后改为大鸿胪，掌管对属国的交往事务）、宗正（管理皇帝宗室及外戚事务）、太仆（本意是皇帝车夫，掌皇帝舆马，全国的马政建设也往往归其管理）、治栗内史（后改为大司农，管理国家财政）、少府（管理皇室财政，收入归于皇帝的小金库）。
而这九卿，亦都隶属于丞相。由此可见，三公之中，丞相权势最为煊赫，有时甚至能改变皇帝的决策。
而太尉虽然掌管全国军事，但军权太过敏感，从刘邦开始，就非常注意限制太尉的权力。太尉一般没有下属或有少量下属，没有权力调动军队，扮演着皇帝军事顾问的角色，而且时常不设。
御史大夫是丞相副手，自然隶属于丞相。
而汉武帝为了削弱丞相、太尉的权力，开始设置大司马。但只有奉命“领尚书事”时，大司马才有实权，否则只是一种荣誉性的称号。等到霍光辅政，担任大司马大将军时，开始力压三公，权力凌驾于百官之上。从此之后，大司马大将军成了权臣专权的标配。
而王莽在篡权之前，已经是大司马，“领尚书事”，位在司徒（此时丞相改为大司徒）之上。
及亡新王莽，遭汉中衰，专操国柄，以偷天下，况己自喻，不信群臣。夺公辅之任，损宰相之威。
因此，等到刘秀建立东汉后，自然会对中央官制进行改革，以防止第二个王莽出现。
东汉时的统治机构
王莽时，把丞相改为大司徒，太尉改为大司马，御史大夫改为大司空，这种改变自然有削弱相权之意。刘秀登基后，则对这一制度进行了更深刻的改革。
（刘秀）愠数世之失权，忿强臣之窃命，矫枉过直，政不任下，虽置三公，事归台阁。自此以来，三公之职备员而已。
第一，虽置三公，事归台阁。把三公的地位抬高，但架空他们的权力，把实权归于皇帝的私人秘书团队——尚书台。这样一来，尚书台的机构便扩大，尚书令的地位也得到提高，官职由原来的六百石提高到千石。
此后，皇帝已下，真正发号施令的机构，变为尚书台，原先的三公九卿只不过奉命办事而已。原先的三公或者大将军，只有被皇帝赋予“领尚书事”之后，才能参与中枢决策，皇帝的权力得到进一步加强。
这种状况在东汉前期执行的较好，但到了后期，随着即位皇帝年龄幼小，许多权臣、外戚把持了朝政。这些人“领尚书事”后，不仅参与中枢决策，而且权势熏天。这已经不仅仅是制度的问题，还涉及到皇帝能力问题。
第二，军权集于中央。原先三公中的太尉主管全国军事，但却没有调动军队的权力。等到了刘秀时期，太尉更是没有实权，掌握军权的是大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军。这四个官职，秩同三公，但并不常设，一般有战事的时候才由皇帝临时任命。
此外，又设置前、后、左、右将军，将军下设长史、司马等官职，层层节制，互相制约，而最高统率权力则直接归皇帝所有。通过这样的举措，使得东汉时期，军权更进一步集中到皇帝手中。
第三，加强监察制度。三公中的御史大夫负责监察，到了刘秀时期，随着尚书台的扩张，整个政府机构都为皇帝一人直接掌握。那么，在加强集权的同时，又如何保证效率呢？东汉政府选择加强监察制度，以此来保证国家机器更有效地发挥作用。
御史大夫其下，也是有属官的。其一是御史中丞，是御史大夫的副手，驻扎在皇宫之中，监察皇室的一切事务。另外一个便是御史丞，负责监察百官和地方。因为东汉时期，御史大夫改为司空，已经不负责监察的责任。于是，便把原先隶属于御史大夫的御史中丞改为御史台的长官，负责监察百官。
御史中丞地位的提高，最终得以和尚书令并重。在朝廷上，御史中丞和尚书令并排坐，以示和百官的不同。御史中丞也是千石之官，隶属于打理皇家财产的少府，并不隶属于司空（原御史大夫）。这样一来，监察系统也直接掌握在皇帝手中。
汉武帝时期设立的刺史，是加强对地方及豪强的监察。等到了东汉时期，刺史的权力得到进一步加强，除了监察之外，刺史还可以举荐人才（原来只有两千石以上的高官才有察举权利，而刺史只是六百石小官）。
通过如此一番运作，使得尚书台取代了丞相之权，大将军、骠骑将军（战时临时任命）等取代了太尉之权，御史中丞取代了御史大夫之权。而尚书台、大将军、御史中丞都直接隶属于皇帝或由皇帝任命，最大程度上保证了皇权稳定。
光武帝刘秀如此费尽心机进行地一番改革，自然是想着皇权永固，传之万世。但这样的制度设计，缺点也是十分明显。因为，制度是需要靠掌权人来贯彻、执行的，皇权能否加强，需要看皇帝、百官等各种政治力量的角力而定。
汉光武帝、明帝、章帝、和帝都大有作为，能够牢牢把持住权力，这种局面持续了八十一年。然而等到东汉后面的八十多年中，一共经历了八帝。这些皇帝最大的十五岁，最小的只有百日，大多是十余岁的幼童。
而且，这些皇帝往往过早夭折，除了傀儡皇帝汉献帝外，只有一个皇帝活到三十六岁，这就造成了幼龄皇帝当政、皇太后监国的局面。而作为妇道人家的皇太后，想要维持统治的稳定，只能依靠身边的奴才和娘家的亲戚。这是东汉后期，出现大量外戚专权、宦官专权的根源所在。
这也印证了，再好的制度，如果没有合适的人去执行，一样会流于形式。刘秀设计如此严密制度加强皇权，终究因为后世子孙的无能而使得皇权衰落。权臣、外戚、宦官相继登上历史的舞台，这些人虽然没有成为第二个王莽，但却严重威胁着皇权，这是当初刘秀万没有想到的了。
