新品速递 | 高深度超微量蛋白质组学-切片类样本_

前言

组织切片的病理学检测一直是诊断病原以及观察机体组织病理变化的重要方法。在临床医学、疾病动物模型检验、药理毒理学分析等相关科学研究中发挥着重要作用。同时组织切片（例如FFPE石蜡切片）通过一系列的制作流程可以实现长期保存，在一定时间范围内积累了大量的可回顾性信息。

另一方面基于质谱的蛋白质组学鉴定随着软硬件技术的发展，实现了更加精准的蛋白表达谱鉴定。已经由传统的常规蛋白质组学进入到了超微量样本蛋白质组的时代。目前微量蛋白质组学驱动的精准医疗通过对临床样本的质谱检测实现发现疾病标志物，以及药物靶标的发现和验证正成为研究的热点。

上海鹿明生物科技有限公司致力于质谱为核心的蛋白质组学方法开发，在超微量蛋白质组学方面继冻存的组织样本有了新的突破，对经过包埋的切片和组织类样本也实现了稳定的蛋白质组检测。为这些珍贵的样本的回顾性信息的深度挖掘提供了新的手段。接下来就从实验方法，鉴定深度两方面为大家详细介绍。

方法介绍

首先，对切片样本进行脱蜡（胶）和水化的处理后，采用“单管法”提取方式，采用特定的表面活性剂提高蛋白提取率及酶解效果，方法优势如下：

1、避免因转管等操作造成样本损失；

2、表面活性剂可以增加蛋白提取效率且无需丙酮沉淀等步骤从而最大限度保留蛋白；

3、离子型表面活性剂只需要加入酸即可去除，不影响质谱检测。

搭载布鲁克新一代4D质谱tims Pro2进行DIA检测，实现高精高深的检测。实验流程示意图见图1。

图1 组织切片微量蛋白质组学实验流程

鉴定深度

总的来说对于7um厚切片面积为20mm的小鼠组织约能提取5μg的蛋白。对于一些结缔组织含量较高蛋白较难释放的样本适当增加样本量也能达到相应的蛋白提取效果。同一物种等量样本的条件下冰冻切片的蛋白鉴定数要比石蜡切片的鉴定数略高（参见小鼠肾脏数据）。无论哪种样本总体蛋白鉴定数均达到了4000+。

石蜡包埋的小鼠各器官组织进行提取并酶解后，在4D平台timsTOF Pro上200ng的上样量，60分钟的梯度鉴定蛋白数达到了4000+、肽段数达到了34000+（图2所示）。又对小鼠肝脏样本做三重复，实验结果显示检测十分稳定。

图2 石蜡切片保存的不同小鼠组织蛋白及肽段鉴定深度

图3 石蜡切片保存的小鼠肝脏组织蛋白及肽段鉴定深度

同样的冰冻包埋的小鼠肾脏组织进行重复实验，进行提取并酶解后，在4D平台timsTOF Pro上200ng的上样量，60分钟的梯度鉴定蛋白数达到了5000+、肽段数达到了44000+（图4所示）。

图4 冰冻切片保存的小鼠肾脏样本蛋白及肽段鉴定深度

技术重复性

4次重复样本鉴定蛋白种类overlap大于99%，定量相关性都达到0.97以上，显示出检测方法具有极高的稳定性。

图5 韦恩图及相关性图分析

总结

此次超微量蛋白质组学鉴定方法，实现了对切片类样本稳定且高效的鉴定。对样本新鲜程度的要求大大降低，能够对一定时间区域内的样本进行回顾性信息的深度挖掘，为病理学检验结果提供另一维度的有力验证。

继单细胞蛋白质组产品之后，进一步推出的高深度超微量蛋白质组学检测服务实现了单细胞蛋白质组-微量蛋白质组-常规蛋白质组的系统解决方案，提供样品全数量级别的专业蛋白质组学检测服务，满足不同的科研需求。样本类型覆盖细胞、组织、穿刺、FFPE、体液等各种类型研究需求。超微量蛋白质组具体送样参考要求如下：