人类口腔微生物群是一个复杂的生态系统，包括细菌、真核微生物、古细菌和病毒。定植在口腔中的微生物会决定宿主的整体健康程度，口腔微生物群的失调通常会影响口腔和全身疾病的发病机制。
龋齿
龋齿与牙菌斑微生物群生态失调有关。由于变形链球菌具有生物膜形成、产酸和耐酸这三种特征，经常从病变中分离出来,因此它历来被认为是龋齿的主要致病菌。其他嗜酸微生物，如乳酸菌和韦荣氏球菌，几十年来也一直被认为与龋齿产生有关;白色念珠菌也可能会诱发龋齿。除了典型的与龋齿相关的微生物外，最近的宏基因组学研究还发现其他微生物与龋齿有联系，如爱泼斯坦-巴尔病毒、普雷沃氏菌。然而，还需要进一步的研究来证实这些微生物与龋齿的致病机制。
牙周疾病
牙周病是一种牙周袋中宿主-微生物平衡被破坏的炎症，比如牙龈炎、牙周炎。虽然牙龈炎是一种可逆性疾病，但如果不加以控制可能导致牙周炎，严重的牙周炎伴有不可逆的骨吸收。除了与该疾病相关的典型细菌 (卟啉单胞菌、密螺旋体和坦那菌)外，龈沟产线菌、胃厌氧杆菌和糖菌也是潜在的牙周病原体。
口腔癌
越来越多的口腔癌与病毒感染有关，在美国约90%的口腔鳞状细胞癌是由人乳头状瘤病毒感染引起的，超过90%的鼻咽癌与EB病毒有关。其中一项研究发现，白色念珠菌在口腔鳞状细胞癌患者中普遍存在，相反高丰度的马拉色菌与口腔鳞状细胞癌患者更好的总体生存率相关，这表明真菌属可能作为一种有用的预后生物学标志物。https://www.mbiosh.com/column/culturelle/hot-today/27462
