接上文，公元398年，桓玄进军石头，殷仲堪占据芜湖，形势一片大好之际，突然神仙中人王恭出事了！
或许有人会有些疑问，是年离淝水之战不过十余载，昔日勇猛善战的北府兵为何不出来拱卫朝廷，呵，原来这北府兵正是王恭起兵的骨干力量！
说起来也怪东晋，昔日谢安示意谢玄组建北府兵，其意本为抗衡北方胡虏入侵，同时改变扬州“权重而力弱”的局面，以平衡朝廷局势，达到“荆扬相衡”，然而，淝水战后不久，谢家人避祸的避祸，离任的离任，最后，这北府兵就来到了王恭的手中，成了私兵。
北府兵最盛时期有五六万人，可以说是东晋最拿得出手的军队，当然这么猛的军队，后人不免吹嘘一番，有人说它是中国古代五大精锐部队之一？这种说法未免捧得太高，即便是同时代，北府兵也并不能所向无敌，比如就输过后燕。
王恭两次起兵，声势浩大，其实，底气全来自属下南彭城内史刘牢之及刘牢之所部的“北府兵”。
昔日，刘牢之以五千北府兵，一举击溃苻坚手下名将梁成两万之众，后在谢玄的领导下，北伐军一度占据河北，收复山东等地。
刘牢之，字道坚，彭城人，生得面紫赤色，须目惊人，是个将才。但是，太傅谢安对他的评价不高，“常疑刘牢之既不可独任”。
谢安毕竟不是凡人，看人的眼光贼准。
在淝水大战之后的北伐中，刘牢之接应前秦苻丕，结果被慕容垂打的全军尽没，后又因惧敌不敢援救被围友军，坐畏懦之罪惨遭免官。
不过王恭素知此人勇猛，便将他从废置中重新起用，然而，他不知道这救得是一匹中山狼，刘牢之一直觉得王恭亏待自己，所以怨气十足。
晋朝当权者司马道子的世子，司马元显年纪虽小，却颇有谋略，他趁机派人利诱刘牢之，要他反戈一击，同时许诺“事后以北府适之”，就是说把王恭的位子给他。
天赐良机，刘牢之自然不肯放过，立刻被收买了，然后带着王恭刚刚赋予的精兵一股脑归了朝廷。
王恭没了北府主持，很快就被俘处死了。
临刑之时，只见王恭十分从容，口诵佛经，自理须鬓，神无惧容，长叹道：“我暗于信人，所以致此。原我本心，岂忠于社稷。百代之下总会有人知我王恭真心！”
王恭的子弟、党众悉数被处死。其家无余财布帛，惟有藏书千卷，仅此而已，为有见识者所感伤。
刘牢之果然因此为都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬州晋陵诸军事，取代了王恭的职位。
王恭既死，殷仲堪，桓玄等人不免夺气，只好匆匆回师。
道子元显父子二人遂采取分化政策，以朝廷的名义，任桓玄为江州刺史，接替王愉，而以杨佺期为雍州刺史，改任殷仲堪为广州刺史。
表面上三人都是刺史，可是桓玄，杨佺期是升官，而殷仲堪本来就是荆州刺史，那时候的荆州可不是广州能够比肩的，这平迁暗降使得老殷怒火冲天，连连催促桓玄、杨佺期进兵。
桓、杨二人既得高升，有了美官，已经十分满意，自然不肯再起兵。老殷虽然气急，不过还有些脑子，他知道自己势单力薄，若是强行起兵，难逃一死，只好拔军自芜湖南归。
拔军前，殷仲堪专门派人威胁桓、杨手下兵士，说：“你等若不各自散归州郡，我回到江陵，必将你等家属屠尽！”
这桓杨二人，本就在江陵任职，所以手下将士多是此地人士。这些士兵听了这话，想死的心都有了，这都跟了些什么主！害怕之余，招呼也不跟桓玄他们打，哗啦啦的，全跟着殷仲堪走了。
桓、杨二人本来心中算盘打的啪啪响，突然发现手下人哗变，全跑了，只好主动引兵，狼狈西还，在寻阳追上殷仲堪，力陈自己并无异心。
殷仲堪既失荆州刺史之职，就不得不倚仗桓玄为援助，而桓玄等人也想凭借殷仲堪的实力来抬高自己的身份，猜疑虽生，却也不能就此反目为敌。
殷仲堪与杨佺期互相交换子侄做人质，于寻阳结盟，推举桓玄为盟主，登坛歃血盟誓，共同拒绝接受诏命，上表为王恭辩护申冤，请求诛杀刘牢之、谯王司马尚之等辈。
司马道子则大和稀泥，说既往之事，不宜挂怀，恢复众人原职，彼此解甲休兵，内外安宁。
殷仲堪既已复原职，也就不好意思再起兵了，遂各率所部返回州郡。
司马道子眼见三人重新联合，知道自己的反间计失败了，十分苦恼，然而实际上，这条计谋还在发挥功效，这三人虽已结盟，却是各怀鬼胎：
公元399年年底，东晋历史上最严重的动乱发生了：孙恩以“五斗米道”为诱，聚众作乱，他们自海岛出兵，杀掉上虞县令，直攻会稽，斩杀了吴中八郡王凝之等数位地方官，其中包括谢安的两个儿子谢邈和谢冲，势头迅猛。
晋廷疲于奔命，竭尽全力对付孙恩，而此时桓玄、殷仲堪、杨佺期这三个盟友矛盾达到顶点，互相看对方不顺眼，都挥起了屠刀，大打出手。
桓玄毕竟是将门之后，成功将二人击败，收其部众。
杨佺期于江陵一战，手下众军全部覆没，单骑逃奔襄阳，途中被杀，而坐镇襄阳的殷仲堪听说杨佺期军败，准备出奔长安投后秦，在逃向酂城的路上被缚，无奈自杀。
说点题外话，这杨佺期可不是一般人物，其祖上有“关西孔子”之称的东汉名臣杨震杨伯起，而杨震的十四世孙则是终结两晋南北朝，被突厥人奉为“自天以下，地以上，日月所照，唯有圣人可汗”的隋文帝杨坚！
桓玄平定荆、雍，遂上表朝廷，请求担任江、荆二州刺史。此时司马氏已被道士孙恩搞的焦头烂额，只好下诏以桓玄都督荆、司、雍、泰、梁、益、宁七州诸军事，荆州刺史，假节。
桓玄很不不满足，固求江州刺史，于是朝廷又增加为八州，外加扬州、豫州八郡，兼领江州刺史。
桓玄又奏请命哥哥桓伟为冠军将军、雍州刺史，以培养心腹。
这么一来，桓玄可就不是一般的外镇诸侯了，他坐拥数镇，手握强兵，同时不断扩张，到公元401年，晋朝疆域几有三分之二归桓玄之手，此时，桓玄不免走上了其父桓温的旧路，开始四处制造桓氏能为帝王的祥瑞，借以惑众。
朝廷也不傻，司马元显于公元402年，以朝廷的名义宣布桓玄罪状，自领征讨大都督、都督十八州诸军事，加黄钺，主持征伐桓玄，其中，刘牢之为前锋都督，谯王司马尚之为后援。
不过，司马元显虽有拒敌意，却无歼敌力，桓玄大军顺流而下，不日，到达姑孰，一击得手，俘获了豫州刺史司马尚之，并趁势夺取了历阳（今安徽和县）。
元显无奈，只好命刘牢之携北府兵抗击桓玄，可是既然司马元显能收买刘牢之，那么桓玄也能！
果然，刘牢之虽然遭到外甥何无忌和部将刘裕的阻止，但还是义无反顾地再叛司马氏，公元402年四月十五日，桓玄大军自新亭杀入建康，称诏总掌国事，受命侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史，加假黄钺、羽葆鼓吹、班剑二十人。
不久，桓玄将司马元显、司马尚之、庾楷等人斩杀，流放会稽王司马道子于安成郡，随后将之毒杀。
司马元显刚死之时，桓玄就借朝廷诏命，命刘牢之为会稽内史，勒令他离开京口。刘牢之长叹道：“才刚刚开始而已，便削夺我的兵权，不久以后，大祸将会降临了！”
刘牢之手中还有精兵数万，打算准备踞江北与桓玄对着干，然而，任谁也想不到，他的部下竟然全都出来嘲讽他：“往日将军有劲卒数万，却望风降服于桓玄，如今桓玄已威震天下，朝野人情均已远去，您歇歇吧。”
参军刘袭更是毫不留情面地说：“事不可者莫大于反，而将军往年反王兖州，近日反司马郎君，今复欲反桓公。一人而三反，岂得立也。”
也就是说天下大事最不可为者莫过于造反背叛。将军您往日背叛了王恭，近日又背叛了司马元显，今日又要背叛桓玄，一人三反，何以自立！”
刘袭说完，转头走了，其他将佐也纷纷鼓噪而去，不久，刘牢之自杀。
至此在江南，已经无人可以抗衡桓玄，而他也明白，所以开始继续其父桓温未竟的事业，篡位大举，这也预示了东晋再无回天之机了。
