之前简单描述了桓玄称帝，但有一点没说，桓玄之所以能够顺利称帝，与孙恩有极大的关系，可以说，要不是孙恩作乱，东晋至少能与桓玄抗衡，而不是一边倒的局势，那么今天就讲讲这位孙恩。
孙恩，出自琅琊孙氏，其家族世代信奉五斗米道。虽是士族出身，但与琅琊王氏、陈郡谢氏、陈郡袁氏、兰陵萧氏这些顶级门阀相比，差的实在太大，为低级士族，尤其是移居会稽，经过土断以后，基本上如同南来下层北人一样，已变成南方的低下阶级。
所谓土断，实际上就是指户籍管理。由于西晋时的各种乱七八糟，大量北人南下，这些人被称为侨人，这其中相当一部分为底层人民。东晋政府成立以后，采取侨置政策，即在某集中地区，暂置原籍州郡县，并仍用旧名，称侨州、侨郡、侨县，是为侨置，而南方原郡县称为“土郡县”，比如说晋陵(今江苏常州一带)一郡，当时便侨立徐、兖、幽、冀、青、并六州的十多个郡级和六十多个县级机构，当时还有南徐州这种叫法，便是侨置政策。
侨人只能在这些侨立的治所登记，跟南方土著居民不同，侨人享有特权，他们的户籍称为白籍，不算正式户籍，入白籍者不负担国家调役，而土著居民户籍称为黄籍，是东晋的正式户籍。
各州侨人既和原来的江南土著百姓杂处，又彼此相互混居，却分属于不同的州、郡、县管理，这些流民自北方南下，多数还想重返故里，所以莫不各树邦邑，思复旧井。这种情况下，东晋朝廷不得不给予侨人特权，但是数次北伐无功且东晋站稳脚跟之后，侨人跟土人之间的矛盾开始涌现，为了更好的统治，东晋便开始整理户籍，即居民不分侨、旧，一律在所居郡县编入正式户籍，取消对侨人的优待，这就是土断政策。
经过土断以后，孙恩家族没了特权，便开始为以后想办法，这时候他叔叔孙泰遇见了一位道士：杜子恭。
杜子恭可不是一般人，其为吴郡钱塘五斗米道首领。在东晋时，出现了很多道教世家，比如琅琊王氏，陈郡谢氏等等，这些世家共尊杜子恭为首。
许是老杜觉得孙泰天赋异禀，便收他为徒，传其道术，杜子恭去世后，孙泰自然就接替他的位置成了新一代的五斗米道首领。
公元398年，王恭之乱爆发，孙泰只当晋祚将尽，便以讨伐王恭为名，私合教众数千人，准备起事，可能是头一回心里紧张，这要命的事儿竟然被会稽内史谢輶发现了，他二话不说便揭发了。司马道子遂诱杀孙泰，孙恩无奈，远遁海岛，众教徒听闻孙泰没了，十分迷惑，就相互催眠，认为孙泰是“蝉蜕登仙”，然后把目光投向了海中的孙恩，纷纷给他送人送物资。
孙恩得了数百亡命之徒，又有众多迷信之众，发誓要报此大仇。
公元399年，司马元显征调江东八郡免奴为客者，以充兵役，使得三吴门阀甚是不满，孙恩趁此良机，自海登陆，进攻上虞，县令被杀，随后直取会稽。同是信奉五斗米道的会稽内史王凝之急忙设下香案，只见他脚踏七星步，火烧三山符，求得鬼兵以守卫各路要津，可惜了，鬼兵还没来，教众却来了，王凝之来不及释放咒语，便被一刀砍翻，余子皆被杀。
迷信害人啊！这王凝之乃书圣王羲之次子，王献之之兄，谢安之兄谢奕之女，有“咏絮之才”美誉的才女谢道韫之夫。
会稽失落，孙恩部众增至数万人。除去会稽，尚有吴郡、吴兴郡、义兴郡、临海郡、永嘉郡、东阳郡及新安郡纷纷杀长史以响应孙恩，“旬日之中，众数十万”，声势十分浩大。
眼见如此，孙恩不禁得意洋洋，据会稽，自称征东将军，并把部众改名为“长生人”，同时发令诛杀异己，“有不同者戮及婴孩”，亡者十之七八、
东晋上下震惊不已，忙调遣徐州刺史谢琰及镇北将军刘牢之前往镇压。
孙恩本来打算，借着江东八郡一路打到建康，推翻东晋，然而听说刘牢之兵临钱塘江时，就知道这事成不了了，遂改为据会稽而自守，与东晋分庭抗礼。显然，他高估了自己的能力，很快，数战之后，坐拥数十万众的孙恩见谢刘二人攻击甚猛，只好携二十万人再次远遁海岛。
公元400年五月，孙恩率部众再袭东晋，攻浃口（今镇海口），入余姚，破上虞，进至刑浦，被谢琰参军刘宣之击退。
不久之后再度进军刑浦，并逼近会稽，谢琰因屡战屡胜，十分大意，后因部下叛变而被杀。孙恩立刻转攻临海。十一月，孙恩在余姚大败高雅之，随后又败于刘牢之之手，孙恩无语，再度逃入海岛。
公元401年二月，孙恩又一次率众登陆，又攻浃口，进攻句章，结果城尚未攻下就得知刘牢之又来了，于是马不停蹄，撤回海岛。
三月，孙恩又来了。这一回他转攻海盐，然而刘牢之早派刘裕前来，结果孙恩日夜兼攻，却都无法前进一步。孙恩无奈转攻吴国内史袁山松守的沪渎。这回终于成功了，五月袁山松战死，孙恩大军突进至京口（今镇江），战士十余万，楼船千余艘，军容强盛。孙恩只当至此可以攻取京城建康。
当时刘牢之还在山阴，立刻派刘裕领兵从海盐堵截孙恩，刘牢之自率大军援救京口。
刘裕所部兵力不足千人，但丝毫不怕，以少胜多，大败孙恩。孙恩狼狈登船再逃。
不过这回孙恩并没有逃远，他也不是傻子，知道这回京城空虚，就重整兵力再进建康，不过此时朝廷已经陈兵待战，更有司马尚之大军驰援，只好撤退，北走郁州。后刘裕来讨，交战数次孙恩再次大败，于是沿海南逃。但是即便南逃期间刘裕也一路追击，孙恩只好在浃口再逃入海中。
这期间，东晋朝廷一直竭尽全力来对付孙恩，桓玄、殷仲堪、杨佺期三人趁此良机大打出手，殷杨二人失败，部众土地尽归桓玄所有，桓玄开始挟制朝廷，威逼司马氏，进督八州及杨豫八郡，领荆江两州刺史。
公元402年，桓玄击败司马道子一派，掌控大权，猛将刘牢之身死，孙恩听说后再次以为大事可成，再度来袭。但是在进攻临海郡时被太守辛昺击败。
孙恩部众经此战后，死亡殆尽，仅余数千人。而孙恩本人惧怕被朝廷俘获，遂投海自尽，数百名他的妓妾和信奉他的部众皆随之而死，余下部众只当孙恩成仙，称其为“水仙”。孙恩死后，大家伙推举其妹夫卢循为首领，继续率领余众坚持斗争，直到411年被刘裕剿灭。
至此持续十余年的孙恩卢循之乱正式终结，但是这次农民起义，打破了士族掌权这一晋朝立国的根本，尤其是北府兵被寒士掌控。自此士族失权，门阀衰落，寒人兴起。
而新兴的实力派刘裕也意识到豪强大族的危害，开始实行减轻人民负担和抑制豪强大族的措施，打击豪强士族，整顿吏治，重用寒门，发展生产，轻徭薄赋，废除苛法，为南朝刘宋前期的强盛奠定基础，从而使得“寒人掌机要”登上历史舞台，进而取代士族掌权，为科举制的诞生打下基础。
