一、企业进行年度纳税申报时，理应按照《研发费用辅助核算汇总表》填写《研发项目可抵扣研发费用征收表》，在年度纳税申报时与申报表一同报送。
二、企业应当在不迟于年度决算和纳税申报时，将备案材料报送税务机关备案。
备案材料包含：
1。企业所得税优惠项目备案表。研发项目审批文件。除此之外，企业应在年末进行汇总分析，填写研发支出辅助核算汇总表，并且在报送年度财务会计报告时连同附注一同报送主管税务机关；企业在办理年度纳税申报时，理应填写《研发项目可抵扣研发费用征收表》并连同申报表一同报送。科技型中小企业办理税收优惠备案时，依照《科技型中小企业评估办法》所取得的相应年度注册号，填写在《企业所得税优惠备案表》中“具备相关资质的批准文件（证明）和文件编号（编号）”栏。
三、企业应保存以下资料以便将来参考：
1。独立、委托、合作研究开发项目计划和企业主管部门关于独立、委托、合作研究开发项目立项的决议文件；
2。独立、受托、合作研发的专业机构或者项目组的编制及研发人员名单
3。科技行政部门登记的委托合作研究开发项目合同；
4。从事研究开发活动的人员及用以研究开发活动的仪器、设备、无形资产（包含工作使用记录）的成本分配说明
5。集中研发项目研发费用决算表、集中研发项目研发费用分摊明细表、实际分摊收入比例等；
6。“研发支出”辅助核算；
7。企业已经取得地级（含）以上科技行政部门出具的评估意见的，理应保存为资料备查。
