“始皇帝，自是千古一帝也。始皇出世，李斯相之。天崩地坼，掀翻一个世界。是圣是魔，未可轻议。” 两千多年来，秦始皇一直是被人唾骂的暴君，李贽则称秦始皇为“千古一帝”。
李贽认为秦始皇“混一诸侯”，废封建、立郡县，结束了春秋战国以来长期的混战局面，实现了国家统一，是一位对中国历史作出过重要贡献的皇帝。
李贽不仅为秦始皇翻案，还为武则天翻案。对于武则天称帝，传统观念认为是“篡政”，有悖封建的伦理纲常，封建的卫道士更是骂武则天是“牝鸡司晨”。李贽却高呼武则天“胜高宗十倍、中宗万倍”。他认为，武则天“专以爱养人才为心，安民为念”，是“政由己出，明察善断”的“圣后”，这一点是绝大多数帝王所不具备的。
李贽是明朝的启蒙思想家，不受儒学传统观念束缚，具有强烈的反传统理念。李贽以孔孟传统儒学的“异端”而自居，主张“革故鼎新”，反对思想禁锢。 李贽蔑视传统权威，敢于批判权威，自幼“便倔强难化，不信学，不信道，不信仙释”。
他认为一个人应该有自己的政治见解和思想，不应盲目地随人俯仰。 中国古代的史书大都“是非尽合于圣人”，以儒家的道德至上主义来评价历史事件和历史人物。李贽认为，这种评价标准造成了不少冤屈：“真英雄汉子，画作疲软汉矣；真风流名士者，画作俗士；真啖名不济事客，画作褒衣大冠，以堂堂巍巍自负。”
李贽历史观的第一个特点是敢于重新评价历史人物， 勇于“颠倒千万世之是非”。
李贽在自己写的《藏书世纪列传· 总目前论》中开门见山地表明： 他反对以孔子的言论作为判断是非的标准。并断言，汉唐宋以后千余年，“咸以孔子之是非为是非，故未尝有是非耳”。公开提出他要重新评价历史人物， 要“颠倒千万世之是非”。
为什么要重新评价历史人物呢？李贽在给焦弱侯的信中说：“山中寂寞无侣，时时取史册披阅……尝谓载籍所称，不但赫然可纪述于后者是大圣人，纵遗臭万年，绝无是录，其精神巧思亦能令人心羡。况真正圣贤，不免被人细摘，或以浮名传颂，而其实索然。自古至今多少冤屈，谁与辨雪，故读史真如一与百千万人作敌对，今不敢谓此书诸传皆为妥当，但以其是非堪为当前人出气而已。”
李贽正是抱着“与千万人作敌对”的决心，重新评价历史人物，“为前人出气”。 嵇康“非汤武而薄周孔”，阮籍则“不拘礼教”“不祟礼典”。 李贽给他们予很高的评价， 认为“其人品气骨”，“古今所希”“千载之下犹可想见其人”。
李贽在《藏书》中， 从秦始皇、汉武帝、唐太宗、宋太祖， 直至一般的儒臣大将，“以及篡逆不道之伦，伎艺讽谏之类”都作了重新评价。他称汉武帝为“英雄继创”，称汉光武帝为“圣主重兴”，称唐太宗为“英主攀兴”，称宋太祖为“圣主推戴”。
李贽热情地赞扬秦始皇是“ 千古一帝”，“祖龙千古英雄，挣得一个天下”，“始皇出世，李斯相之，天崩地坼，掀翻一个世界”。对于先秦法家李斯提出的“五帝不相复，三王不相袭，各以治”的进步主张， 他大加称誉，评道：“各以治三字甚可贵”。他对唐代法家柳宗元及其赞扬秦始皇、肯定郡县制的《封建论》一文，评价很高，说“柳宗元文章，识见议论，不与唐人班行者。《封建论》卓且绝矣！”
而对于历史上反对变革、主张倒退的儒家，他大加贬斥， 说“儒臣”“实不可以治天下国家”。针对隋代儒家王通宣扬“以周公之礼乐治当时之天下，以井田封建肉刑为后世之必当复”，李贽讥讽他是“一步一趋，舍孔子无足法者”等等，爱憎十分分明。
第二个特点：李贽提出了“一治一乱若循环”的社会历史观。
朱熹说：“夫人只是这个人，道只是这个道，岂有三代、汉、唐之别？但以儒者之学不传，而尧、舜、禹、汤、文、武以来转相授受之心不明于天下，故汉唐之君不能无暗合之时，而其全体却只在利欲上，此其所以尧、舜三代自尧、舜三代，汉祖、唐宗自汉祖、唐宗，终不能合而为一也。”意即夏商周三代天理流行，是王道政治。三代以后，由于帝王心中“未免乎利欲之私”，结果一切现象都变得“黑暗”起来。
与此相对，李贽提出了“一治一乱若循环”的社会历史观。又认为：“人生斯世，惟是质文两者。两者之生，源于治乱。”并针对儒者倡导的“以忠易质”“以质求文”提出严厉的批评，认为其是“不根之甚矣”。
第三个特点：李贽是中国古代历史上典型的怀疑主义者。
李贽在《藏书世纪列传总目前论》中写道：“人之是非，初无定质。人之是非人也，亦无定论。无定论则此是彼非并育而不相害，无定论则是此非彼亦并行而不相悖矣。”
李贽认为：人人都有不同的是非标准。而且是非标准随着时间的推移而有所变化，并不是一成不变的。“昨日之是而今日非矣，今日非而后日又是矣。”但是自汉唐以来，人们“咸以孔子之是非为是非，故未尝有是非耳。”
李贽编纂《藏书》的目的，就是要“颠倒千万世之是非。”“以孔子之是非为不足据。” 李贽《藏书》中的批语很多，可见其批判怀疑精神。
《藏书·王通传》载王通“欲以周公之礼乐治当时之天下，以井田封建肉刑为后世之必当复”。李贽评曰：“一步一趋，舍孔子无足法者。”
《藏书·孝宣皇帝世纪》载：“班彪赞曰：成帝善修容仪，升车正立，不内顾、不疾言、不亲指。临朝渊默，尊严若神。可谓穆穆天子之容矣。”李贽批：“画出一个道学先生。”
《藏书·王莽世纪》载：“莽独孤贫，因折节为恭俭，勤身博学，被服如儒生。外交英俊、内事诸父。曲有礼意。”李批：“画出一个道学先生。”
李贽讽刺儒臣“虽名为学而实不知学，往往学步失故，践迹而不能造其域。卒为名臣所笑。然其实不可以治天下国家。”又说：“托名为儒，求治而反以乱，而使世之真才实学、大贤上圣，皆终身空室蓬户已也。则儒者之不可以治天下国家，信矣。”
第四个特点：李贽反对历史保守主义，主张“与世推移”的历史发展观。
“夫是非之争也，如岁时行，昼夜更迭，不相一也。昨日是而今日非也，而可遽以定本行商法哉？”李贽提出“与世推移，其道必尔”的主张。认为春秋替三代，战国代春秋都是一种正常的历史发展现象。
《四库全书》主编纪晓岚对李贽的著作一概不收，只存其目，并痛加批斥，评价李贽《藏书》时写道：“贽所著《藏书》为小人无忌惮之尤”。李贽的异端思想一直不容于当时。
