清同治三年六月十六日（1864年7月19日），曾国荃部湘军吉字营用穴地填埋炸药法轰开天京（今南京） 太平门，天京陷落。天京失陷，意味着历时15年的太平天国也随之覆亡。
在两年多残酷血腥的天京之战中，李秀成的数十万苏浙太平军几乎全军覆没，到天京城破时，全城仅剩的3万多军民也几乎被杀戮殆尽，李秀成率千余亲信将士易装保护幼天王洪天贵福（洪福瑱）趁乱从缺口混出城去。出城不久，李秀成与幼主被乱军冲散。幼天王经句容、溧水，辗转至安徽广德，与干王洪仁玕会合；李秀成则往东南方向逃去。
李秀成到南京东南的方山时，因身上所系昂贵配饰被村民陶某某兄弟识破抓获，押送到湘军提督萧孚泗处。曾国荃将他囚禁了9天，由曾国藩亲自提审，留下4万字供状《李秀成自述》后，旋被曾氏兄弟处死。
同治三年（1864年）11月，幼天王洪天贵福在江西石城杨家牌被左宗棠系楚军将领席宝田、王开琳擒获，护送他的8部太平军余党溃散，11月18日，洪天贵福在南昌被江西巡抚沈葆桢凌迟处决，年16岁。从石城突围而走的干王洪仁玕在江西广昌被清军抓获，旋即押送南昌，11月23日，被赣抚沈葆桢凌迟，年43岁。
太平天国灭亡后，仍有40万左右的太平军余部因未参与天京之战而得以成建制完整保留。天京虽然沦陷，天国已不存在，但太平天国运动的火焰并未就此彻底熄灭，仍然在大江南北继续燃烧。
长江以南的太平军以侍王李世贤部为主，拥众十余万，后到福建扩充至20余万；康王汪海洋所率的军队转战南方数省，也是太平军的一支重要力量，拥兵十余万；另外还有来王陆顺德部数万人在广东坚持作战；活跃于河南、安徽、湖北的扶王陈得才部以及远征陕西的遵王赖文光部（与北方的捻军联合）规模更大，闹出的动静也大，持续的时间也更长。
李秀成的堂弟、侍王李世贤是太平军余部中最众望所归的领导人物。他所率的十余万人马是太平军剩余力量中绝对的主力，转战于南方的赣、闽、粤三省。
同治三年（1864年）10月，李世贤率部跋涉崇山峻岭与湍急河流，从江西捣入福建，并一举攻占闽南重镇漳州。李世贤在漳州招兵买马，还裹挟了大批丁壮参军，兵力渐渐壮大起来，号称20万（实际人数10余万）。
清廷害怕天国死灰复燃，派闽浙总督左宗棠率麾下楚军，新封一等肃毅伯李鸿章率领器械精良的淮军前去镇压。在外籍雇佣军和清军的联合围剿下，李世贤虽也取得过歼灭4000楚军的大胜，毕竟独木难支，遂撤出福建，退至广东，欲与康王汪海洋部会合联手作战。
汪海洋部也是太平残军中一支颇具实力的重要力量。但他心胸促狭，并不欢迎大名鼎鼎的李世贤，一是忌惮他威望卓著，具有强大号召力，怕他兼并自己的军队；二是他曾经杀害前来投靠的李世贤的族叔李元茂，怕自己从前的阴谋与丑事暴露，于是假意迎接侍王，暗中磨刀霍霍。8月23日，汪海洋带几个心腹摸进李世贤卧室，刺死了酣睡中的李世贤。
在广东继续作战的来王陆顺德因为被叛徒林正扬出卖而被清军擒斩，所部全部覆灭。
汪海洋杀死了李世贤，更加势单力孤，同治四年（1865年）1月在与楚军、淮军的作战中被炮弹炸伤，不久伤重而死。同年2月，在清军的围攻下，汪部太平军全军覆没。
同治三年（1864年）5月，扶王陈得才部西北太平军约20万兵马在安徽霍山被科尔沁亲王僧格林沁大军挫败。随后，陈得才麾下天将马融和、倪隆怀率7万将士向僧格林沁投降；没过多久，陈得才部将范立川、陈汉太又率11万将士投降安徽皋司英翰。已成“光杆司令”的陈得才绝望地看着部下接二连三降清，却无力阻拦，遂服毒自杀。
另一位两年前和陈得才一起奉命远征西北的遵王赖文光却联合了北方捻军，在安徽、山东、陕西、江苏北部继续坚持抗清，坚持到同治七年（1868年）才被清军彻底镇压下去。
谭体元，广西象州人。初参加金田暴动，随太平军北上，隶翼王石达开部。天京变乱后，于咸丰七年（1857年）随石达开离京出走，后又随石离开安徽安庆，在外独立作战。随石达开经安徽、浙江、福建、江西、湖北、湖南，转战数省，屡屡受挫，遂南进广西，被石达开封为钦天豫（爵位）。
咸丰十年（1860年），部分将领因屡战屡败，对前途产生悲观情绪，对石达开产生怀疑，遂与石分道扬镳。谭体元与傅忠信、朱衣点、吉文元、彭大顺等翼王部将率十余万精兵（一说20万）从广西宜州“万里归朝”，谭体元部途经湖南，会合汪海洋部进入江西。12月，谭体元率部攻占德兴，再克安徽婺源（后划入江西），旋即往东投奔侍王李世贤，随李世贤转战江西、浙江等地。
同治元年（1862年），被授予主将职衔。4月，奉命进援遂昌，被湘军击退。随后退往汤溪。积功被天朝封为偕王。
同治三年（1864年）7月，天京沦陷，天朝灭亡。8月，偕王谭体元会同干王洪仁玕、堵王黄文金等8部太平军护送幼天王洪天贵福从安徽广德走宁国县，欲往江西投奔侍王李世贤。谭体元率部南进浙江，又入江西，至石城杨家牌与主力会合，不料遭楚军席宝田部伏击，8部太平军溃散，幼天王洪天贵福被清军俘虏，谭体元率部突围而走。
脱险后的谭体元率部归附康王汪海洋，随其经宁都、瑞金入福建，袭占福建汀州（长汀）。12月，谭体元率部与左宗棠部楚军激战于汀州、上杭、连城之间，大破之，歼灭楚军4000余人。同治四年（1865年）3月，因楚军、淮军联合进剿，作战失利的谭体元部南走上杭、永定。
同年5月，在清军的围追堵截下，谭体元随汪海洋部退入广东大埔（今茶阳），旋即折返福建，在福建永定狮龙岭遭遇左宗棠部楚军的伏击，激战中，太平军死伤颇重，失利后退往上杭、武平，随即入广东境，占领镇平、平远（今蕉岭、仁居）。随后，汪海洋刺死兵败来投的侍王李世贤，兼并李世贤余部。12月，汪海洋率军进攻嘉应州（今广东梅州市），谭体元部打先锋，一举攻克嘉应州。
同治五年（1866年）2月初，楚军、淮军大举来袭，康王汪海洋战死，谭体元代领其众。2月7日，谭体元率军弃城而走，行至黄沙嶂迷了路。谭体元率太平军余党在黄沙嶂一带兜兜转转，耽搁了不少时间。2月9日，清军大举追至，谭体元督军拼死还击，激战中，太平军死伤惨重，谭体元力战不支，突围时力竭跳崖而死。还有文献记载，谭体元是被清军擒获后惨遭杀害的。谭体元死后，南方的20余万太平军余部全部覆灭。
