甲午战败，袁世凯因为在朝鲜的作为被视为引发中日战争的罪臣，袁世凯在满清大臣和国人心目中的形象是负面的，几乎被当作甲午战败的罪臣来查办。当时主持中枢的恭亲王曾经质问李鸿章袁世凯的罪责“中日合约既定，吾闻此次兵衅，悉由袁世凯鼓荡而成……”，可见甲午战后袁世凯所受的责难之深。此时的袁世凯，如不祥之物，人人畏而远之。尤其在李鸿章失势之后，一直依靠淮系集团的袁世凯在中枢缺少了提携照应之人，政治前途更加暗淡。
作为淮系集团中军事与外交兼能的优秀人才，袁世凯的甲午战争的罪责被李鸿章等替其承担和洗刷。《蜷庐随笔》中所载恭亲王质询袁世凯的责任一事，李鸿章以一句“横竖皆李鸿章一人之过耳”将其罪责轻轻掩去，又“闻悉男发过讨救急电十一通，皆被其婿张佩纶所压搁，罪归其婿，业己参革功名，发往军台效力赎罪，弟反蒙温语相慰。爵帅以为佩纶其罪当死，自身一世威名，被彼一手送尽，若不压搁急电，早发雄兵至韩，未必一败涂地至此。此次战争，衅自彼开，不能归咎于男，反惜男之声名亦断送于佩纶之手也。”可见李鸿章其对袁世凯嘉赏之深，这让他免受战败的纠责，保证袁世凯的仕途免受较大的冲击，为其后来仕途的青云直上留下了余地。
袁世凯之所以受李鸿章如此器重，是有原因的。袁世凯是淮系集团袁保庆的子侄，又长期在淮系吴长庆门下成长起来，是淮系年轻一代难得的军政双全的人才，自然受到爱才的李鸿章的看重。在总督李朝时，袁世凯就展示了他应付复杂局面游刃有余的才干。光绪十年（1884年），李鸿章在一份述职报告中，就对袁世凯嘉赏有加，说他“查有分省补用同知袁世凯胆略兼优，能知大体，前随吴长庆带兵东渡，久驻王京，壬午、甲申两次定乱，情形最为熟悉，朝鲜新旧党人咸相敬重。此次派令伴送李罡应归国，该国君臣殷殷慰留。昨接朝王来函，亦敦请该员在彼襄助。若令前往接办，当能措置裕如。惟陈树棠赴朝之时，尚属商务初开。今则口岸渐增，贸易日盛，各国公使麇集汉城，一切相机因应，尤赖该员从旁赞画，似宜优其事权，作为驻扎朝鲜总理交涉通商事宜，略示预闻外交之意。查泰西派员出驻属国，向由外部给予文凭。如蒙俞允，再由臣檄饬该员克日前往，并请饬下总理衙门加札饬遵。该员袁世凯官职较卑，历著劳绩，应如何加恩朝擢衔阶之处，出自逾格慈施，以重体制，而资镇慑。”袁世凯不仅身负大才，而且对李鸿章毕恭毕敬，忠心耿耿，展示出淮系集团一代后起之秀的应有风采。
甲午战败，光绪二十一年（1895年）3月14日，李鸿章启程去马关缔约。在行前，袁世凯表现出了一个优秀门生对老师的关心。他在李鸿章启程前去电“恭叩行族，万乞珍摄”。李鸿章在马关遇刺，他听说后心痛无比，急忙发电慰问，表现出深深的关切。4月下旬，李鸿章回到天津，因受舆论谴责，在家闭门不出，袁世凯不避嫌疑，立刻向钦差大臣督办关外军务的刘坤一销差，去天津看望李鸿章。在李鸿章面前，袁世凯不仅表现出下属应有的忠心和关切，他和李鸿章之间更是一种惺惺相惜的感情。袁世凯在与本生母书中提到“盖此次中日战祸，惟男与爵帅同是被人连带受罪，故惺惺惜惺惺，感情分外融洽矣。”因此，在甲午战败的罪责上，李鸿章替袁世凯承担了责任。
即便如此，袁世凯仍然蒙受着甲午战败罪臣的阴影，在李鸿章引咎去职后，失掉了淮系集团的提携与支持，袁世凯的政治前途仍然极其黯淡。
