自然界抗原的种类繁多，根据不同的分类依据可将抗原分为不同种类。
根据抗原刺激机体产生抗体是否需要T细胞辅助，可将抗原分为胸腺依赖性抗原和胸腺非依赖性抗原。
胸腺依赖性抗原（thymus dependent antigen，TD-Ag）是指刺激B 淋巴细胞产生抗体时需要T细胞辅助的抗原。 绝大多数天然抗原都是TD-Ag，如病原生物、异种或同种异体细胞及血清蛋白等。
与之相反，胸腺非依赖性抗原（thymus independent antigen，TI-Ag）则是指刺激B 淋巴细胞产生抗体时无需T细胞辅助的抗原。 TI-Ag 种类较少，主要有细菌脂多糖（LPS）、荚膜多糖和聚合鞭毛素等。而根据抗原与机体的亲缘关系可将其分为异种抗原，同种异型抗原以及自身抗原。
另外，根据抗原与疾病的关系以及诱导免疫应答特点的不同还可将其分为肿瘤抗原，移植抗原，变应原，以及耐受原等。
这两种分类咱们将在后面的文章中一一详述，除此之外，还有一些其它分类方法，比如：
①根据抗原的产生方式的不同将其分为天然抗原和人工抗原；
②根据抗原是否在抗原提呈细胞内合成，将其分为内源性抗原和外源性抗原；
③根据抗原的基本特性将其分为完全抗原和半抗原；
④根据抗原的物理状态不同将其分为颗粒性抗原和可溶性抗原；
⑤根据抗原化学性质的不同可将其分为蛋白质抗原、多糖抗原及多肽抗原等。
