唐、宋、元三代，中国官方对菲律宾群岛的兴趣似乎并不大，一直到明初这种局面才开始改变。1405(明成祖永乐三)年，郑和第一次下西洋，在前往渤泥途中经停吕宋，在当地见到许多福建侨商，并应侨商请求，任命福建晋江籍华侨商人许柴佬为吕宋总督，此后直到1424年，吕宋岛的最高行政长官都是这位华侨商人。
从理论上讲，这是菲律宾和中国关系最直接、最密切的时期，因为此时吕宋最高行政长官是中国人，最高行政机构法理上直属中国明朝中央政府。
1390年，苏门答腊岛移民米南加保人建立了菲律宾历史上第一个国家苏禄苏丹国，苏禄苏丹国东、西、峒三王则得到明朝“册封”，属于东亚典型的“藩属关系”，但这种所谓“藩属国”并非真正的统治，而是一种特殊利益交换关系。明朝初年苏禄国王曾经亲自来中国晋见明朝皇帝明成祖朱棣，归国途中染疾，病故并安葬于中国德州。除了长子返回苏禄继承苏丹王位以外，其后人如次子、三子及随行大多留在中国生活。
17世纪，清朝取代明朝统治中国，此时江河日下的苏禄苏丹国，国王正是东王后裔，他们希望依靠中国，抵御西班牙人的步步蚕食。1726(清雍正四)年，苏禄苏丹遣使“朝贡”，重建了和中国的“藩属”关系。1731年，苏禄苏丹亲自“来朝”并拜谒了苏禄东王墓。1733年，苏丹应在德州守墓的东王后裔请求，上书雍正，希望给予这些人中国国籍，获得批准。
1753(乾隆十八)年，苏禄“老苏丹”上《请奉纳版图表文》，请求将本国土地、丁户编入中国版图，这是因为苏禄被西班牙百般欺凌，强弱不敌，希望依托中国，寻求庇护。但此时乾隆正奉行闭关锁国政策，对海岸线以外并无兴趣，甚至认为华侨都是“汉奸”，死不足惜，殖民者杀死华侨对中国有利，在这种思维定式下，他显然不会对纯属“外人”的苏禄请求有丝毫积极回应。
苏禄希望成为“中国固有领土”的请求最终被婉言谢绝，但双方的“藩属”关系依旧维持。1851(清咸丰元)年，西班牙人占领苏禄古都和乐，苏禄和中国间的航路就此被切断，这一年也是中国太平天国金田起义的年份，此后中国自顾不暇，所谓“藩属”关系，也是名存实亡。
