1946年6月9日，根据秘密警察机关拼凑的黑材料和罗织的罪名，斯大林签署命令撤销了朱可夫陆军总司令的职务，通令中斥责朱可夫：“不谦虚，过于傲慢，把战争期间取得所有重大战役胜利的决定作用归功于己”。原本是准备由贝利亚的机关对朱可夫执行“逮捕法办”的，只是由于科涅夫、罗科索夫斯基元帅、华西列夫斯基等名帅的仗义执言，斯大林不好太过触犯众怒，才改为贬职处理。
朱可夫于是被打发到边远的敖德萨军区担任司令员，并且从此遭到秘密警察的监视和窃听，其实这个道理很简单，朱可夫由于战功卓著，在卫国战争结束后的声望已经达到了顶峰，历来“功高盖主”都没有太好的下场，何况是多疑而粗暴的斯大林。朱可夫的罪名主要有两条，其一是在担任“驻德苏军集团军总司令和苏占区最高军事行政长官”期间，与西方军政人士和记者的谈话中多有疏漏而“未经许可”，这就是欲加之罪了。
第二条则是秘密警察经过调查发现，朱可夫家中有不少从德国运回来的战利品和财物，以及一些下级赠送的礼品，这事说大不大说小不小，朱可夫后来也写信承认了错误，应该算是“违纪行为”。不过要注意，这一时期贝利亚及其手下的行动，完全是秉承斯大林的意旨，以配合对朱可夫的整肃和清算，两个人之间并没有什么私仇。
然而当年的大肃反已使军队与秘密警察之间成为了“天敌”，尤其是军队将领对秘密警察的滥捕、刑讯和虐杀等行为充满了仇恨，尽管这是在斯大林领导下的运动，但是军官团不敢把仍然健在的大元帅怎么样，心底的满腔怒火都将发泄在贝利亚这个执行者身上。不幸的是，朱可夫当时已经成为军队的代表性人物，而贝利亚则是秘密警察一方的领头羊，所以“团队恩怨”才是主要矛盾。
上个世纪30年代的苏军内部大肃反非常恐怖，大清洗几乎干掉了苏军整个的军官团，共有40000余人涉案并且其中15000人被枪决，其中被杀的包括5名元帅中的3人、16名集团军级将领中的15人、67名军长中的60人、199名师长中的136人、397名旅长中的221人。这些人当中，许多都曾经是朱可夫的上级和同僚，包括朱可夫在接到晋见斯大林的命令时，都以为自己再也回不来了。
万幸他只是被派往远东去对付日本人，但是仍然对秘密警察又恨又怕，对贝利亚肯定心底并无好感。并且这事最离奇的插曲是，从1934年开始指挥大肃反的“内务人民委员会委员”叶若夫，抓着抓着把自己也搭进去了，于1938年12月被处决。而他的继任者，正是他的副手拉夫连季·贝利亚，那么叶若夫的政治生命又是怎么完结的呢？无它，也是贝利亚告密的结果。
因为叶若夫已经接近疯狂了，连加里宁、莫洛托夫的夫人以及斯大林的大部分亲戚都遭到了逮捕或处决，再抓下去就乱套了。朱可夫指挥诺门坎战役的时间是1939年，而这个时候秘密警察头子已经换成了贝利亚，所以他对秘密警察的惊惧在某种意义上就是对贝利亚的敬而远之。
在苏德战争时期，朱可夫是在前线东挡西杀，而贝利亚在留在斯大林身边全盘负责情报、安保和反谍等工作，两个人所负责的领域并无直接交集和利益冲突，基本可说相敬如宾。1953年斯大林逝世后，其实留下的新领导班子是马林科夫、贝利亚和莫洛托夫的“三驾马车”，其中的莫洛托夫已经被边缘化，所以实际掌握权力的是马林科夫、贝利亚和赫鲁晓夫。
此时的贝利亚领导着情报局和克格勃等强力机器，还掌握着这些“老同志们”在斯大林时代所有事情和隐私，严重威胁着马林科夫和赫鲁晓夫这样的文官集团，于是争夺领导权的斗争不可避免地展开了。为了搞掉这个强大的政治对手，马林科夫和赫鲁晓夫迫切需要军方的支持，遂与朱可夫、莫斯卡连科等将领结成了政治联盟。
1953年6月26日行动正式实施，由军队出面在会场上突然抓捕了贝利亚，然后关押在莫斯科卫戍部队的驻地，注意一不是监狱二不是内务人民委员会的牢房，清楚地表明军方在这次事件中的巨大作用。
是年底经过秘密审判后贝利亚被枪决，在其后的政治斗争中，朱可夫继续支持赫鲁晓夫，先后搞垮了马林科夫和莫洛托夫，他也由此东山再起荣升国防部长。
事实上，贝利亚在大肃反中的恶行并不多，因为1939年初开始这一运动已经逐渐降温，贝利亚在卫国战争中也作出了很大的贡献（战后晋苏联元帅军衔），并且还是后斯大林时代力求改革政治生态的倡导者，他的很多提议反而在被杀后实施了。但是他所处的位置，意味着不可能得到军方的支持，多少背了点锅。
所以从本质上说，朱可夫与贝利亚的交锋，背后就是军方与“内务人民委员会”在国家机器中的地位之争，是两个政治集团的厮杀，当然也包含着军方对秘密警察的清算。而这两个人分别扮演着两个集团领袖的角色，个人之间有没有恩怨仇恨已不重要，哪怕是私下间的朋友，恐怕也要图穷匕见了。
