改革是一项极其复杂的社会系统工程，清末新政由一批曾仇视改革或与改革为敌的人物完成了一场带有革命内容的改革。
在这种意味深长的矛盾背后是历史造成的两个原因：其一，庚子之变以后的局势是一种真正的统治阶级再也无法照旧统治下去的时局。光绪二十七年（1901年）2月颁布的上谕中说：“无事且难支持，今又构此奇变”。正是对这一点的承认。
新政在主观上是为了防止革命掀揭屋顶而挖开的一个窗洞，但在客观上却成为时势假手不愿改革者而实现的一场改革。历史常常会使动机与效果大相异趣，对于一个没落的阶级尤其如此。
其二，有人说过：戊戌政变杀青年人、南方人多，八国联军杀老年人、北方人多。透过这种南北方和青老年的对立，是政革人物与顽固保守人物的对立。侵略者用暴力消灭了后一类人物中的一部分，同时又以此震慑了其他部分。
这并不是件值得称颂的事，但它导致的结果却是为中国的改革消除了一些阻力。许多历史的是非是隐藏在历史的深处的，只有透过某些历史细节的表象，才能把握历史迈进的步伐和节奏。
事与愿违的表层原因
清末新政是以自下而上的推动和自上而下的改革双向互动的形式出现的。清政府原想藉此实现王朝的自我挽救，但新政非但没有延长它的寿命，从某种意义上说还加速了它的灭亡。它推行教育改革，是想造就“尊崇孔教，爱戴大清国”的人，但无论是在国内新式学堂中还是在留学生中，清政府并没有获得多少为己所用的人才，反而出现了一个不同于传统士类的知识分子群体，成为王朝的掘墓人。
清政府在全国各省扩编新军，原本是要以此来弹压各种可能出现的变乱，却又给革命党人在各省以发展革命势力的机会。新军绝大多数成了王朝的“哗兵”“叛兵”。
清政府奖励实业，原想借此以摆脱严重的财政危机，却导致了“资产阶级利益知识分子利益与专制制度的冲突越来越大”……所有这一切，都走向了清政府预想的反面。
何以会如此？历来论者大都从其推行新政的动机来说明它的欺骗性和反动性，这并没有错，但问题没有这么简单。清政府推行新政固然有取悦列强、拉拢立宪派、打击民主革命的一面，更有统治阶级变法自强的一面；它有欺骗、拂逆舆情的一面，更有符合历史发展逻辑的具体内容。
历史的效果往往不以人们的动机为转移。清末官制改革，在客观上推动了国家体制的近代化；教育改革，奠定了中国近代化教育的基础；军制改革，推进了中国军事的近代化；法律改革，开了中国法制近代化的先河；奖励实业，则直接促成了创办实业的高潮。因噎废食，因人废事，并不是一种科学的态度。
人们习惯于用御史欧家廉的几句话：“易私塾门榜即为学堂，改亲兵衣饰即为巡警，建一二洋式衙署，用一二留学生，即是崇奉西法”，来说明新政的有名无实。
固然这段话反映了当时的一些实况，但远不是新政的全部。清政府“清理财政而漏卮愈大，编练新军而哗兵愈众，改轻刑律而断狱愈多。事事有尽更其故之思，人人有不如其初之慨。”最后从新政走向灭亡，有其更深层的原因。
清末新政失败的深层次原因
1、旧人办新政
清末立新制而不易旧人，由曾与改革为敌的人物来推行新政，有其深刻的历史原因。但它的结果不仅冲淡了新政的革新色彩，而且限制了新政的历史展开。
新的制度必须有新的价值观念、思想和行为模式与之相适应，否则绝不可能赋予新制度以真实的生命力，失败和畸形发展的悲剧性结局也就不可避免。
就晚清新政来说，直接参与其事的“枢臣疆吏”有奕劻、载泽、戴鸿慈、袁世凯、端方、荣庆、铁良、寿耆、世续、载沣、瞿鸿禨、那桐、阴昌、载洵、绍昌等。这批人中，凡有立宪倾向的，大多只是“言官”而没有实权，其余绝大多数仅有王朝自救意识而无变革意识，既无实施宪政的诚意又缺乏推行宪政的能力。
即是谘议局和资政院中的议员，不向皇帝磕头就不舒服，不叫谢恩就不是滋味的，也大有人在；不知立宪为何物或干脆反对立宪的人物更不在少数。这类人物在资政院的“钦选”议员中所占比例尤为突出。因为“钦选”议员主要是由皇亲贵胄、王公世爵和硕学通儒所构成的。
即使在“民选议员”中，有功名的亦占89.2%。当然有功名的并非就是抱残守缺的，但就整体而言，他们的落后性更多于进步性。应该说，在“预备立宪”之初，统治集团中有些人还是寄以希望的，但旧的政治惯性又吞噬了这种希望。
一位官僚曾不无悲愤地说：“内外臣僚，久已习为谄媚”，“在位诸臣，人各有心，或阳奉而阴违，或始勤而终怠，行之不力，则功堕半途。”新政终因执行无人而使朝廷之信渐坠，国民失望愈深。自救的新政不仅无法保持王朝的内在凝聚力和集体价值，反而使社会动乱，成了王朝的催命符。
2、传统和既得利益的双重阻力
一切改革的推进都必然会碰到来自既得利益和传统文化这两方面的阻力。因为改革无可避免地要触动既得利益和传统的价值。在近代中国，这双重阻力表现得尤其明显！
中国的传统既深且久，有极大的凝固性，不破传统就不能前进。但自周秦以来形成的以孔学为轴心的文化传统，已与民族习惯、民间生活浑然一体，无所不在。更可怕的是，这种阻力又往往与既得利益扭结在一块，形成一种强大的抗改革因素。
从光绪三十二年（1906年）的“立宪改官”到宣统三年（1911年）“皇族内阁”的出笼，统治集团中的各种势力和派别，围绕着权力的再分配展开了残酷的争夺。
如荣庆之于张百熙，奕劻之于瞿鸿禨，铁良之于袁世凯，都是这种争夺的具体表现。一方面是掌握着最高权力的皇宗贵胄惟恐大权旁落、“鼎祚潜移”，而拼命想借“预备立宪”之名推行中央集权；另一方面则是地方督抚（实力派）要“划分中央与地方行政权限”实行责任内阁制，以削弱君主与王公大臣的权力。
一方面是皇宗贵胄拼命排挤汉族官僚，剥夺汉族官僚的某些职位和权力，另一方面则是汉族官僚竭力培植各自的势力和各种社会关系，与之对抗。一些过去被摈弃于仕宦门外的士绅，也想伺立宪之机，谋取一官半职。
